Не дают прописку

Отказать в регистрации, по этой причине, могут только в муниципальную квартиру, если регистрируемый не является родственником.
В данном конкретном случае, ни то, ни другое не наблюдается. Потому, отказ незаконен. Можно затребовать письменное разъяснение, с указанием причин, статей и прочих нормативных документов. Скорее всего, после этой просьбы все препоны пропадут :-)

Если квартира в долевой собственности, то "мачехе" не "принадлежит маленькая комната в 9 квадратоных метров. "
Вселение в квартиру супруга одного из сособственников возможно с письменного согласия всех сособственников.
Обращается с паспортом заявитель- муж с заявлением о регистрации по месту жительства в жилом помещении- квартире в уполном. орган (МВД) или в МФЦ (посредник).
Сособственники с паспортами идут с ним вместе и пишут на его заяве свое согласие.

при чем здесь органы? они тоже являются собственниками? только муниципальной квартире возможен такой отказ.
или в коммунальной квартире, где часть комнат принадлежит муниципалитету.

нет не законен если собственники квартиры согласны все зарегистрировать

не законен

вообще то все слышали о выделенной доли и о разделении счетов и привязку счетов к выделенной доли, но до 2005 года .На сейчас об этом ни кто не слышал потому что этого нет в квартирах и если другие сособственники против то ни как не получится зарегистрировать отца в чужой квартире. Если квартира муниципальная то даже при согласии если площади не хватает тоже не возможно это сделать

Метры тут ни при чем. Метры играют роль для муниципального жилья, но не для частного.
Нужно просто согласие остальных собственников.
Если согласие остальных собственников имеется - требуйте отказ в письменной форме - и жалобу в прокуратуру