Могут ли отказать в выдаче субсидии на улучшение жилищных условий?

Если квартира муниципальная, сестра с семьёй получают жильё, регистрируются в нём и, как следствие, снимаются с регистрации в вашей квартире. Метраж на каждого оставшегося изменяется. Если нормы проживания позволяют остаться в очереди на улучшение ж/условий, то на субсидию Вы можете рассчитывать. В противном случае никакой субсидии и снятие с очереди. Проконсультируйтесь очно в жилищном отделе района/города.

Сестра с племянниками зарегистрируется в новом жилье. А у вас, без ее семьи, норма площади какая будет на человека? Если больше учетной нормы, то могут вообще с очереди снять.

Нам неизвестно вся семья состоит на жилучете (каком именно учете, с какого года) или часть семьи,
в каком городе живете, по какому НПА обеспечение (местный/федеральный),
сколько метров общ. площадь жилого помещения квартира по кот. состоите на жилучете, насколько квартира "густонаселенная", т. е сколько челов вселены на законном основании и зарегены по месту жительства.
Могу предположить, что дело происходит в Питере по местным НПА, так члены одной семьи, состоящ. на жилучете разными способами улучш. жилусловия.
Но могут быть и варианты.
Вы не пишете что за "положена квартира" многодетной сестре: по договору соцнайма ей предоставят квартиру в пользование или иное.
И вообще, Вы мало что понимаете, судя по комментарию вашему: " Квартира муниципальная, оформлена на деда которого нет в живых."
Но с большой степенью вероятности, если предоставят сестре с детьми квартиру по дог. соцнайма (или иное), всех снимут с жилучета, как раз сплюсовав площадь занимаемой квартиры и предоставленной сестре.
Ответ Натальи Викторовны выше поясняет вам про учет метров.
Было бы корректно. чтобы сестре с детьми предоставили например жилое помещение по договору соцнайма с освобождением занимаемого жилого помещения и снятием ее с детьми с жилучета.
А остальные остались бы на жилучете, ибо их жилищ. условия не улучшились после улучшения жилщ. условий части семьи (сестра с детьми), и они не утратили основания для обеспечения.
И чтобы сестра после заключения дог. соцнайма снялась бы с регистр. учета из вашей квартиры и зарегилась бы с детьми в предоставленной. И изменения в ваш дог. соцнайма внести в связи с этим (допсоглашением).
Что там у вас на умершего деда, только вам и понятно.
Надо было после смерти деда вносить изменения в дог. соцнайма.
ч. 2 ст. 82 ЖК РФ:
Дееспособный член семьи нанимателя с согласия остальных членов своей семьи и наймодателя вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя. Такое же право принадлежит в случае смерти нанимателя любому дееспособному члену семьи умершего нанимателя.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_51057/8c3c143c6c268c0e5088bbed5ba46bc9e0ed75e0/
ч. 3 ст. 83 ЖК РФ:
В случае выезда нанимателя и членов его семьи в другое место жительства договор социального найма жилого помещения считается расторгнутым со дня выезда, если иное не предусмотрено федеральным законом.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_51057/1d7e4cbc7e7f1803f92fe7e31bb8e139d0268ad5/

в чьей собственности квартира? сколько м2? сколько человек зарегистрировано в квартире? сестра стоит на очереди как малоимущая многодетная семья? она подавала документы с учетом всех зарегистрированных в квартире? в какой очереди на получения жилья стоите вы?

После того, как ваша сестра получит жилье- если она выпишется с детьми и пропишется в новой квартире, то для вас будут учитываться метры квартиры, в которой вы прописаны. ее метры НЕ будут учитываться, так как ваша сестра НЕ является членом вашей семьи. Но без нее на оставшихся количество метров на человека увеличится и важно, что бы вы по норме оставались нуждающимися.
А вот если после приобретения квартиры сестра останется прописанной в вашей квартире, тогда будут учитываться все прописанные вместе с ней, но и ее новые метры будут учитываться.

если сестра со своей семьей зарегистрируется в новой квартире - плюсоваться метраж не будет. а предоставят ли субсидию - сказать сложно, даже если твоей семье не хватает метров - остаетесь ли вы без многодетной сестры малоимущими?

так в результате расселения учетная норма в 10 кв. м. будет превышена? или даже норма предоставления? смотрите свои местные законы..