Не правомерные действия нотариуса, как поступить ?

Обратится с жалобой в вышестоящую инстанцию

Смотря что за действия? Если отказ в совершении нотариального действия, то его можно обжаловать в суде в порядке особого производства. Если присутствует спор о праве, то в порядке искового производства.

Вышестоящей организацией является нотариальная палата

Самым простым способом бует обратиться в суд, указав в качестве ответчика налоговую инспекцию (они наследуют вымороченное имуцщество) . При этом всех поименованых лиц - БТИ, нотариуса и т. д. указать в качестве третьих лиц. Указать, что они припятствуют в сборе дкументов и попросить суд истребовать у них соответсвующую документацию. Даже если нотариус напишет сравку, что договор у него отсутствует, думаю, что суд ваши требованя удовлетворит поскольку установлено, чт договор был, а его утрата - не ваша вина.

обжаловать выданный им документ в суде или же написать в прокуратуру на предмет проверки законности действий нотариуса

В ПРОКУРОТУРУ можно заявить. Они будут обязаны проверить этот факт, и решат наказывать нотариуса или нарушения нет.

1. Максимальный срок хранения документов у нотариуса- 75 ЛЕТ!!!! Дальше они передаются на хранение в госархив ( номенклатура дел нотариусов) .
2. Какое заявление, т. е. о чем ???Заявление о выдачи дубликатов документов? ?
3. В вашем случае проще всего в судебном порядке признать за наследниками право собственности.
4. Даже если они и найдут, то за выдачу дубликатов документов : ( примерно) 500-700 рублей.
5. Выше стоящий орган это нотариальная палата вашего округа.