подоходный налог 13%,платится только когда работаешь по договору или когда взяли официально с трудовой

Налог на доходы физических лиц уплачивается с любых доходов: и с выплат по трудовому договору (он заключается при приеме на работу официально с трудовой книжкой) , и с вознаграждений по договорам подряда (договор гражданско-правового характера) . Удержать этот налог с физического лица, с которым заключен договор, - это обязанность того, с кем договор заключен (работодателя в первом случае или заказчик - во втором) - то есть того, кто выплачивает работнику вознаграждение по договору.
Налог не удерживается в одном случае - если заключен договор подряда и Вы (подрядчик, вторая сторона в договоре) официально являетесь индивидуальным предпринимателем. В этом случае Вы сами исчисляете и уплачиваете налоги со своего дохода - в зависимости от того, какую систему налогообложения Вы используете: 13 % (если общую) , 6 или 15 % - если упрощенную, фиксированную - если пользуетесь ЕНВД или патентом.
Хотите подробностей - пишите, о каком договоре идет речь (их много) и какой статус Вы сами имеете.

В любом случае. Это обязательные отчисления

Это уж Вам нужно следить, перечисляет работодатель за Вас какие-то средства в налоговую! Вообще, за любого работника работодатель обязан перечислять налоги (ПФР, ФСС и т. д.) , только часто работодатели уклоняются от этой уплаты. На моей практике был случай, когда работник работали в муниципальном учреждении, по трудовому договору, с трудовой книжкой, а нечестный работник брал с них 13% и клал себе в карман, да и еще 30% не платил никуда.

в обоих случаях работодатель перечисляет 13% в налоговою

По трудовой книжке)))