Это может быть причина уволить главного бухгалтера?

Скорее всего, бухгалтерия просто провтыкала вычесть эту сумму, такое бывает. В принципе, наказать за это можно, путем взыскания, а вот уволить нет.
А перед тем, как наказывать главбуха, подумать о том, сколько информации он держит в голове постоянно и какую ответственность несет ежедневно (главбух несет криминальную ответственность наравне с руководителем фирмы) . Я еще не видел ни одну бухгалтерию, где люди вальяжно лежат на стуле, задрав ноги на стол, и ковыряются в носу - это одна из самых геморройных профессий на любом предприятии, потому не удивительно, если забыли учесть какое-то заявление.
Лично я бы на первый раз ограничился устным замечанием. Если это систематически происходит, тогда уже можно прибегать к карательным мерам.

в вашей организации главный бухгалтер занимается кадровыми вопросами и начислением заработной платы? если нет, то ни какие "дисциплинарные взыскания" к главному бухгалтеру применить нельзя. он не проверяет, кто какие "заявки" написал.
на основании подписанного директором заявления отделом кадров издается приказ о предоставлении работнику отпуска без содержания. этот приказ, вместе с табелем учета рабочего времени, поступает в бухгалтерию, бухгалтеру-расчетчику, который, на основании полученных документов, производит начисления. главный бухгалтер в этом документообороте ни как не участвует и наказать его за то, что он не делал невозможно.

Если человек находился в отпуске без сохранения содержания, то это должно быто отражено в табеле.. . Бухгалтерия не работает с заявлениями, бухгалтерия проводит расчеты по табелю учета рабочего времени. Если в табеле этот отпуск не отражен, то причем здесь бухгалтерия? Это вина ответственного за составление табелей.. . Если же в табеле отпуск был отражен, то бухгалтерия просто физически не могла начислить полную зарплату - для этого пришлось бы подделывать табель...

надо бы написать, кто составляет табель, а то в бухгалтерии вообще могли не знать об отпуске.