Почему же основатель рода Романовых скрывал свою фамилию? Не потому ли, что он тоже - таки да?

Что бы скрывать - надо иметь что скрывать.

Русские родовитые люди, как впрочем и их "коллеги" в Европе, обычно именовались по своим территориальным владениям.
В Средние века это не воспринималось в нашем теперешнем понимании, то есть как фамилия, а просто указывало на владение определенными землями.
Кроме того, как и простые люди, бояре могли иметь прозвища, которые не обязательно переходили их детям - у детей могли быть свои прозвища
Первый исторически достоверный предок дома Романовых - Андрей Кобыла(Кобыла - явно прозвище) - "засветился" во времена Ивана Калиты.
Все сыновья Андрея Кобылы вошли в историю не под отцовским прозвищем Кобыла, а каждый со своим: Семён Жеребец, Александр Ёлка, Василий Ивантей, Гавриил Гавша и пятый - младший Фёдор Андреевич Кошка, от четырех сыновей которого пошел «Кошкин род» , блиставший при московском дворе в XIV—XV вв.

Сын Фёдор Андреевич Кошки - уже не Кошка, а Иван Федорович Кошкин, внук же Захар Иванович Кошкин, а сын Захара Ивановича - Юрий Захарьевич Кошкин (Захарьин) , далее - Роман Юрьевич Захарьин от которого далее пошли уже Романовы.

Для чего я это все так подробно излагала?
Что бы Вы увидели, что никто ничего не скрывал (в этом не было необходимости) , а просто происходило видоизменение от поколения к поколению приставки - в нашем теперешнем понимании фамилии - к имени отчеству в этом роду.
Сын Кошки - Кошкин, сын Захара - Захарьин, потомки Романа - Романовы.

Дело в том, что фамилии (родовые прозвания) появляются не раньше, чем это становится нужным для экономического развития.
У российского боярства фамилии начали появляться только с XVI века, и произошло это в силу местничества, опиравшегося на родовые заслуги.
Вот и идентифицировали себя по наиболее "засветившимся" предкам, употребляя их имя в качестве "фамилии"
Особенно нужно это было представителям тех родов, которые, не отличаясь особой родовитостью, единственное чем могли похвастаться, так это личными заслугами предков.
Тесть царя - отец царицы Анастасии Романовны, дед царя Федора Иоанновича, согласитесь, фигура достаточно значительная, что бы в борьбе за власть опираться на авторитет этой фигуры.

Таки нет. Просто "Кошкины-Захарьины" в качестве названия династии звучит значительно хуже.

Это Вы о котором, о Филарете, отце Михаила?

Так-так. .
До недавнего времени многие «кухонные» русские разговоры о политике и культуре естественным образом сворачивали на «еврейский вопрос» или на хотя бы еврейский анекдот.
Теперь будем рассматривать еврейский вопрос в королевских родах Пруссии? На повестке дня некий князь Гланда Камбила, сын князя Дивона, потомок прусского короля Видевута. Это если принять родовую версию рода Романовых.
Плавно перейдём к Литовскому вопросу (отец-то оттуда) . Или бросим это дело? Кстати, Великий Новгород (другая версия "исхода" Кобылы) благодаря Мономаху не актуальна. Нет?
Примем во внимание, что национальность у евреев определяется по матери, то есть, если мать еврейка, то и дети тоже евреи. Ну, или крестился отпрыск - тогда не еврей. Генетически рассмотрим? Потому что, если об отцах ещё ни шатко ни валко сведения наскребаются, то о матерях никто и не задумывался.. .
Тогда начинать надо с того, что все от Адама и Евы произошли.
И тут встаёт вопрос вероисповедания.. .