Можно ли добраться на поезде из Каира/Египта в Кейптаун/ЮАР? или другим путем, не авиа.

Добраться можно. На машине.
Для этого в первую очередь идите и делайте прививку от желтой лихорадки. Без нее в странах Африки Вам даже визы не дадут. А в ЮАР не пустят. Развернут на границе. Т. к. это первое, что спросили у меня при регистрации на рейс в Замбии, до Йоханнесбурга.
И условием получения визы в Судан и в Конго, тоже является это свидетельство. Визы в Конго и в Судан лучше получать в посольстве, т. к. на границе сделать это будет проблематично. Поэтому идите в Египте в посольства и Конго и Судана и получайте транзитные визы. Визу ЮАР получают только заранее и только в посольстве. Поэтому и в посольство ЮАР в Египте или в России тоже стоит заглянуть (для Конго документы должны быть на французском языке, для ЮАР на английском)
Дороги в Африке в основном хорошие. (те, которые я видела) Далее. И самое неприятное во всей этой истории. И очень советую уточнить правила аренды машин. Т. к. там с пересечением границы одного государства и въезда в другое государство на машине могут возникнуть некоторые сложности. Этот вопрос советую уточнить уже сейчас. (я машину не вожу поэтому и сказать здесь ничего не могу.

Ключевой момент во всей этой истории безопасность. Во-первых, дикие звери (реально страшно) , во-вторых не для всех жителей этих государств Вы турист, для некоторых источник наживы. (Сама с криминалом в Африке я не сталкивалась, и с какой-то агрессией тоже) , но я была далеко не во всей Африки, и видела далеко не все страны.

Малярия. Привок от малярии нет!! ! Профилактика обязательна, особенно сейчас. Лариам, это можно купить в России, но очень вредные, Маларон менее вредные, купить можно там есть еще Коатерм и Фансидар.
Санитарные условия, где кончаются туристические маршруты оставляют желать хоть чего-нибудь. Поэтому запаситесь всем необходимым в городах. Воду из-под крана не пить нигде!!! !
И еще так, для справки. Африканские страны прочно занимают первую 10-ку по заболеваемости СПИДом. Это так. . Просто Так.

Откройте карту и посмотрите! Там через всю Африку пилить надо и не одно государство пересечь, много виз надо будет делать. А даже одну ЮАРовскую визу получить довольно сложно

Так понимаю, вы согласны даже на африканские поезда, проходящие через беднейшие страны мира, лишь бы не лететь на самолете?
Непрерывного жд-полотна там нет, кроме того, и международных рейсов тоже нет - т. к. там страны друг с другом не дружат, да и колея везде разной ширины.
Вплавь - тоже странный вариат, учитывая, что путь будет проходить мимо Сомали
Может, накушаться успокоительного и самолетом - безопаснее раз в миллион :-)

Только вплавь!

На поезде никак, их там нет просто. Внутренние поезда кое-где есть.
С визами будет напряг. Как минимум с Суданом и Мозамбиком. Да и с другими тоже - транзит вам никто не даст, так как вы его не можете ничем подтвердить.
С ситуацией в Южном Судане не всё понятно... как и где там визу получать.. .
В принципе, люди добирались по земле, но месяцами и годами.
Если вы не в теме что такое Африка - то лучше не соваться. Там действительно есть места где вас больше никогда не найдут.

http://www.breeze.ru/cruises/2063

правда добиратся долговато, 80 дней, та и дороговато)))))))) , проще самолетом

можно