При искусственном скрещивании цветов важно ли то, кто именно будет донором пыльцы?

Одни признаки лучше наследуются по материнской линии, другие по отцовской. Определяется опытным путем. В вашем случае надо пробовать оба варианта.

важно... опыляют друг друга растения только одного рода... а в некоторых случаях только одного вида...

Есть наследственность с доминантными признаками, есть с рецессивными. У гераней (пеларгоний, если правильно), доминантный признак- красный окрас цветка. скорее всего, если опылять белый цветок красным, то больше вероятности, что красного станет меньше в потомстве. А если красный опыляешь другим цветом, то вероятность красноокрашенных потомков будет больше. Примерно так я себе это представляю, но могу ошибаться. Я больше любительский подход (спонтанный) использую в опылении, чем научный подход.

Оба родителя важны.
Что-то проще наследуется по материнской или по отцовской линии.
Бывает, сорт с удачными признаками даёт мало пыльцы или плохо опыляется, приходится искать подходящую пару.
Как нример посмотрите про шиповник собачий http://flower.onego.ru/kustar/rosa_dik.html

Да, важно. Н-р, перцы жгучие. В связи с множеством сортов из разных мест (регионов) произрастания, при скрещивании двух растений опыление пыльцой с растения №1 цветов растения №2 может не дать результата, а с №2 на - №1 дать. Всё проверяется опытным путём.

Почитайте основы генетики, раз уж решили заняться опылением - начальные вопросы отпадут. При скрещивании обычно пробуют опылять оба сорта друг на друга, а при посеве записывают чья пыльца, а чьи семена.

Важно не только то что передается по отцовской-материнской линии, учитывается также набор хромосом - диплоидный, триплоидный, квадраплоидный - у сортов (и видов) может быть различная сложная полиплоидность.

Некоторые сорта друг на друга просто не опыляются, а в обратную сторону - могут, но при этом могут не передавать признаки (свои сильнее - доминантные).