Что сейчас нужно делать с рассадой Пеларгонии ?

Зацветет, куда она денется. После 6-ого листа можно смело прищипывать. Конечно, ей нужна подсветка, но и без подсветки вырастет.

Странно, что летом ваша рассада выросла хилой: "...сейчас рассада тонкая, низкая .."
При достаточно ярком свете она растёт с толстым стеблем.
Я раньше тоже сеяла пеларгонию зональную в июне, т. к. выращивала её для палисадника перед окнами своего первого этажа.
+ на зимние месяцы подросшие сеянцы использовала в качестве заграждения к цветочным горшкам от кошек. Герань они гарантированно даже не надкусывали.
Так к зиме вырастали с толстыми стебельками, могли в январе зацвести.
Я бы в вашей ситуации сейчас укоротила макушки с целью остановки роста в короткие световые дни. Зато это пойдёт на пользу стеблю. Уверена, что скоро проснутся спящие почки и пойдут новые ростки. Я вот в сентябре обрезала бугенвиллию на зимовку, а она уже вся в новых росточках.
Вы можете поэкспериментировать: отрежьте у пары сеянцев и понаблюдайте.
Только держать надо в светлом тёплом месте (у самого стекла), без сквозняков при проветривании. + поливать всегда тепловатой водой.
И ещё: а Вы рассадили сеянцы по маленьким горшочкам или держите в одной плошке? Хорошо бы увидеть фото...

Зацветёт. Можно прищипнуть.

она зимой обычно "спит", листья будут желтеть. Доживет до весны, видно будет, что дальше. Я свою обычно обрезаю на зиму, если она уже не цветет. Но если маленькая, лучше не трогать.