Навигация по сайту

"Но также, я хочу, чтобы этот раздел подсвечивался, когда я на него перехожу.."

Просто придумайте какой-нибудь класс и опишите вашу подсветку в нём на CSS. Со стороны JS останется только его добавить.

"..ладно если бы я просто нажал на него, было бы просто подсветить, но если я буду прокручивать страницу, как это сделать?"

Вот два небольших примера:

1) На Js: https://jsfiddle.net/rw1zxymo/
2) С помощью Vue: https://jsfiddle.net/6bozxhwm/

Изучите эти варианты и выберите тот подход, который нужен вам.

️⚞ Два универсальных пути решения любой задачи: ⚟
• учишься, и делаешь сам;
• нанимаешь того, кто уже научился - чтобы он сделал за вознаграждение.

️⚞ Помощь от технических специалистов: ⚟
Технари в целом дружелюбны, и помогают своим, даже совсем новичкам. Ключевое слово тут "своим". Те, что просят помощи ничего не делая, к своим НЕ относятся.
Это означает, что технари не обязаны, и в большинстве своем, не будут:
• удовлетворять чужие нужды, хотелки, или капризы;
• делать чужую домашку и/или обучать персонально;
• отвечать на дебильные вопросы, типа "кагсделоть".

⚞ Как добыть хорошие ответы: ⚟
Каждый вопрос получает именно те ответы, которых заслуживает.
Тот, кто вместо вопроса пишет задание, историю из жизни, или другую хрень - автоматически ставит себя в позицию олигофрена, и соответствующее отношение.
Внятный и четкий вопрос - практически гарантирует внимание сообщества, и имеет все шансы на хороший ответ.