Правильно ли было принято решение суда?

Административная и гражданская ответственность регулируются разными отраслями права. В связи с чем, доказанность вины по административке не влечет автоматическое доказательство по гражанскому законодательству. И наоборот, если нет вины по ПДД (читай КоАП РФ) , то в гражданском процессе все может быть по другому.
Он управляет источником повышенной опасности, а стало быть должен доказывать, что он "не верблюд", то есть не виновен в случившемся.

Согласно ГК РФ - вред, причиненный жизни и здоровью работником предприятия, управляющий источником повышенной опасности (авто) , взыскивается с предприятия. Само предприятие вправе обратиться всуд для взыскания с работника этой организации понесенные ею расходы (регрессный порядок) .
Тут никуда не деться. Вина то не предприятия, а работника.

Владелец источника повышенной опасности, т. е. предприятие, по закону несет гражданско-правовую ответственность и без вины. Поэтому вина водителя совершенно не обязательное условие для удовлетворения иска потерпевшей.

Случаи полной материальной ответственности работника оговариваются в ст. 243 ТК РФ. К ним, в частности, относятся, причинение вреда преступлением ( должен иметься приговор суда, вступивший в законную силу) , административным правонарушением, причинение вреда в состоянии алкогольного опъянения, причинения вреда лицом, с которым заключен договор о полной материальной ответственности и т. д.
Так вот, в наличии должен быть хотя бы один из этих пунктов вышеназванной статьи. И в решении суда обязательно есть мотивировочная часть, где суд объясняет почему он принял такое решение. Почитайте внимательно решение.
Скорее всего, решение суда законно.

если вина мужа не установлена, то на каком основании предприятие выплатило 90 тыс. ? ему надо было подавать аппеляцию. (предприятию) Она сама виновта, надо было смотреть куда идет

Если вина не установлена на основании решения суда, то в таком случае необходимо обращаться в касс коллегию, если установлена то решение вынесено законно и обоснованно