Работником был нанесен материальный ущерб компании в которой он работает.

Добрый, " причинение материального ущерба работодателю" и "несоответствие занимаемой должности" - не одно и тоже. Статья 232 Трудового кодекса РФ (далее - ТК РФ) допускает расторжение трудового договора с работником после причинения им прямого действительного ущерба, но не в связи с несоответствием работника занимаемой должности. В данном случае либо работник увольняется по собственному желанию (ст. 80 ТК РФ) , либо это будет увольнение его по соглашению сторон (ст. 78 ТК РФ) . В случае увольнения работника, он не освобождается от обязанности возместить предприятию причиненный им прямой действительный ущерб . До принятия решения о возмещении ущерба конкретным работником, работодатель обязан провести проверку в целях установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.
Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт. Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их (ст. 247 ТК РФ) . Таким образом, необходимо провести проверку/инвентаризацию (порядок проведения см. в Методических указаниях по инвентаризации имущества и финансовых обязательств (утв. приказом Минфина РФ № 49 от 13.06.95г. ), о чем издается соответствующий приказ. Проведение инвентаризации обязательно при смене материально ответственных лиц (а увольнение как раз и предполагает смену материально ответственного лица) . Инвентаризация/проверка и должна выявить недостачу/ размер причиненного ущерба. Размер ущерба, причиненного работодателю при утрате и порче имущества, определяется по фактическим потерям, исчисляемым исходя из рыночных цен, действующих в данной местности на день причинения ущерба, но не ниже стоимости имущества по данным бухгалтерского учета с учетом степени износа этого имущества (ст. 246 ТК РФ) .
Сразу же после проведенной инвентаризации у работника нужно взять объяснения в письменной форме о причинах возникшей недостачи. При отказе подчиненного давать какие-либо объяснения составляется соответствующий акт. Его надлежит подписать как минимум двум свидетелям. Документ, о котором идет речь, понадобится при возможных судебных разбирательствах. Он будет служить доказательством того, что со стороны организации-работодателя.
При отказе работника признать свою вину работодатель имеет возможность на основании приказа взыскать с провинившегося сотрудника сумму причиненного ущерба, однако, лишь в том случае, если размер ущерба не превышает среднемесячного заработка работника (ст. 241 ТК РФ) . Такое распоряжение может быть сделано НЕ ПОЗДНЕЕ одного месяца СО ДНЯ окончательного установления работодателем размера причиненного работником ущерба (ст. 248 ТК РФ)
ЕСЛИ месячный срок истек (при этом не важно, уволился ли работник или продолжает трудиться) ИЛИ работник не согласен добровольно возместить ущерб, а сумма ущерба превышает его среднемесячный заработок, ВЗЫСКАНИЕ ОСУЩЕСТВЛЯЕТСЯ В СУДЕБНОМ ПОРЯДКЕ.
Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении вреда, причиненного организации, В ТЕЧЕНИЕ ОДНОГО ГОДА СО ДНЯ ОБНАРУЖЕНИЯ УЩЕРБА. В случае пропуска этого срока по уважительной причине он может быть восстановлен судом (ст. 392 ТК РФ) .
Учтите также, что материальная ответственность работника исключается в случаях возникновения ущерба вследствие непреодолимой силы, нормального хозяйственного риска, крайней необходимости или необходимой обороны либо неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику (ст. 240 ТК РФ) .

В случае споров с работодателем, можете обжаловать его действия в суд

Если работник не материально ответственное лицо ( не подписывал договор о материальной ответственности) . то взыскать с него ущерб в размере более 1 средней зарплаты даже через суд невозможно!