Заключен д-р возмездного оказания услуг! Работник причинил материальный ущерб! Полностью ли он должен возместить ущерб?

Ваши отношения регулируются гражданским законодательством, а не трудовым (отчисления в ПФР ФСС Вы в любом случае должны делать) .
А далее - читайте Ваш договор. Вот как там написано, так и поступайте. Либо добровольно лицо все возместит, либо в судебном порядке.
А платите ему Вы за оказанную услугу. Поэтому вред здесь ни при чем (если в договоре прямо не предусмотрено, что Вы имеете право делать удержания из его оплаты)
В принципе, можете и не отдавать деньги, но он вправе обратиться в суд. С Вас помимо платы за услуги еще и проценты за задержку взыщут (какие у Вас там санкции в договоре. Если никаких - см. ГК) .
С встречным иском выступите, выиграете. То, что Вы удержали, возвращать не будете (взаимозачет, так сказать) , а проценты в любом случае придется отдать. Хотя, может, он и не пойдет в суд.
В общем, надо все просчитывать и смотреть - как Вам выгоднее.

Вы сторона работодателя? Однако! В свое время не захотели с работником заключить трудовой договор, а теперь пытаетесь действовать в рамках Трудового кодекса Российской Федерации? Только через суд.

в размере зарплаты за месяц.

договор подряда не является трудовым договором. отчисления в пфр и фсс наше жадное государство установило возмещение материального ущерба в гражданско- правовом порядке.