Почему корни "несу"-"нес" следует считать алломорфами одной морфемы, а слов "есть"-"был" разными морфемами?

Морфема... это единица словообразования... Русский язык как раз в основе имеет морфемный принцип. То есть морфемы пишутся одинаково... навпример... вода произносим как [вада]... но пишем все равно ВОД... .

Так вот... алломорфы (когда мы сравниваем например два слова) , характеризуются тождественностью значения, МИНИМАЛЬНЫМИ звуковыми различиями... .
Поэтому НЕС - НЕСУ.... это они и есть.. .

Ну а ЕСТЬ -БЫЛ.... ничего общего в составе не имеют. У них разные морфемы Но это слова объединяет значение... .

ЕСТЬ - глагол наст. вр. И он же в прошедшем времени вдруг получает форму БЫЛ

Вы хотя бы разберитесь, что Вы спрашиваете.
"Почему яблоки и груши - фрукты, а картошка и газировка - разные? "
Алломорф - вариант морфемы, и именно одной и той же морфемы, а не разных. Слова есть и был имеют разные морфы. Супплетивизм здесь не имеет значения.

АЛЛОМОРФ [< гр. allos - другой + morphe - форма] - лингв. вариант морфемы (Например, русское друг — /друж-/, друз-, англ. [-z]/[-s]/[-iz], как показатель множественного числа существительных, «ног-а» - «нож-ной») . Морфема - минимальная значащая часть высказывания и одна из основных единиц языковой системы, обладающая свойствами значимости (выступает как носитель лексических или грамматических значений) , повторяемости в других высказываниях с тем же (или сходным) значением и в той же (или сходной) форме, предельности, неразложимости (не делится более на части, характеризуемые теми же свойствами) ; мельчайшая значащая часть слова; класс морфов (См. Морфа ), обладающих определёнными свойствами. Выявление М. языка начинается с членения высказываний на морфы, далее морфы, сходные по содержанию и форме и находящиеся в отношениях дополнительной или неконтрастирующей (несмыслоразличительной) дистрибуции (См. Дистрибуция ), объединяются в одну М. (ср. М. «друг» = русский морфам «друг~друж~ друз’»). Эта ступень анализа, устанавливающая Алломорф ы одной М. , называют её отождествлением, или идентификацией. Вслед за отождествлением происходит классификация М. По положению в системе языка М. делятся на свободные, способные выступать в виде самостоятельного слова (ср. английский day, немецкий Tag, русский «тих») , связанные, встречающиеся только как часть слова (ср. М. множественное число в английском day-s, русском «-ий» в «тих-ий» ) и относительно связанные, проявляющие в одной серии случаев первое качество и в другой — второе (ср. русский «до» в «долететь до реки») . По функции М. делятся на служебные (аффиксальные) и неслужебные (корневые) ; первые обычно связаны, вторые — свободны. Число первых ограничено, как правило, несколькими десятками, число вторых неограниченно. По типам передаваемых значений аффиксальные М. делятся на деривационные (словообразовательные) , реляционные (словоизменительные) и реляционно-деривационные (формообразующие) . Последние 2 категории часто объединяются под названием словоизменительных. М. могут быть материально выраженными или же нулевыми, когда они вычленяются у словоформы по её противопоставлению форме с материально выраженной М. (ср. русский «стол — стол-ы») . Большинством лингвистов М. рассматривается как единица, соотносящая План выражения с планом содержания (См. План содержания ), т. е. понимается как двусторонняя знаковая единица; реже встречается трактовка М. как мельчайшей единицы плана выражения. Е. С. Кубрякова.
а если короче, то ---когда один корень без существ. отличий (т. е. чередование не в счёт) , - то это алломорф. . нес-несу типичный пример.... и вообще это словоформы...

Если выпить литр водки, то можно заговорить ВСЯКИМИ морфемами. Извините, что не помог, но хотябы улыбнетесь.