Почему корень, плод и хвост - мужского рода, а крона, почва и голова - женского?

Это достаточно сложный вопрос. Нужно отметить, что категория рода есть во многих языках индоевропейской семьи, но существуют языковые семьи (например, уральская и алтайская) , где категории рода нет. То есть, это не универсальное грамматическое явление. Но что интересно, во многих языках есть так называемые именные классы (классы существительных) , имеющие семантическую основу. Например, во многих языках народов Африки, Азии, Америки и Австралии. Подробнее здесь:

http://www.wikiznanie.ru/ru-wz/index.php/Именные_классы

Что касается Вашего вопроса о русском языке, то в случае существительных, обозначающих людей, наличие той или иной категории рода часто можно объяснить, исходя из значения слова (мужчина -- он, женщина -- она) . А вот в случае существительных, обозначающих неодушевленные и даже в некоторых случаях животных (почему сущ. собака жен. рода? ) -- невозможно. Категория рода существовала в древнем индоевропейском праязыке, от которого произошло много современных языков, в том числе русский. Возможно, в индоевропейском праязыке она имела семантическую основу.

Интересно, что некоторые слова в языках индоевропейской семьи, обозначающие младенцев, детей, детенышей животных и т. п. --среднего рода (у них не выражены вторичные половые признаки) . Напр. , в русском языке: дитя, чадо. В немецком: das Kind "ребенок", все слова с уменьшительными суффиксами -chen и -lein (Mädchen "девочка", Entlein "утенок"). Также, слова, образованные с помощью суффиксов, восходящих к и. е. суффиксу -men и обозначающие объект, подвергающийся действию, тоже среднего рода. Например, рус. семя (сеять) , лат. semen "семя" (от serere "сеять"). Интересно, что когнат в немецком поменял род со среднего на мужской: der Same. Такое бывает, в русском языке некоторые существительные тоже меняли род, например сущ. тень когда-то было мужского рода (поэтому тенёк) . Но это лишь обрывочные следы семантики категории рода в индоевропейском праязыке, которые остались в известных нам современных и античных языках.

Подробнее о категории рода можно почитать в работе А. Е. Манькова "Происхождение категории рода в индоевропейских языках".

http://pstgu.ru/pic/dcontent/21018.p_body.Proishowdenie_kategorii_roda.pdf

Читал, что первоначально все слова как бы имели средний род. Потом некоторым, наиболее важным присвоили "пол", в зависимости от того, на кого кажутся больше похожи, - на мужчину или на женщину.

Например, "меч" - связан с кровью, и храбростью, - его сделали мужским родом. А "яблоко" и "дитя" - второстепенные слова, - им род ("пол") не стали присваивать.

Теперь думаем, почему древним корень и т. д. показались похожими на мужчину))

по кочану мужского рода