Почему слово "Пень" - мужского рода, а "Лень" - женского?

Это очень сложный вопрос, и чтобы на него ответить, придется затронуть сравнительно-историческое языкознание. Далее я буду приводить фонетические причины, объясняющие, почему у этих слов одинаковые окончания в форме именительного падежа ед. ч. Я не касаюсь вопроса о том, почему изначально одним словам был приписан один род, а другим -- другой (потому что для этого нужно будет объяснять картину мира наших далеких предков и сложные закономерности словообразования) .

Для начала нужно сказать, что фонетический облик слов со временем меняется. И то, как мы произносим слова в современном русском языке, может отличаться от того, как их произносили в древнерусском, в протославянском и, тем более, в реконструируемом индо-европейском праязыке (на котором говорили более 5000 лет назад) .

В индоевропейском праязыке, дальним потомком которого является современный русский язык, была категория рода. Т. е. все имена существительные делились на несколько классов (скорее всего, на три) и имели соответствующие грамматические показатели своего класса (например, окончания) . Категория рода сохранилась в русском языке, но изменились окончания, а также, некоторые слова изменили свой род (например, тень) . В индоевропейском языке большая часть имен существительных мужского рода имела в форме номинатива (именительного падежа) ед. числа окончание -s (как в новогреческом, литовском и латинском языках -- все они произошли из индо-европейского праязыка) , который следовал за конечным гласным (реже согласным) основы (основой в языкознании называют неделимую, и как правило, неизменяемую часть слова, от которой образуются различные формы слова слова и производные слова путем присоединения аффиксов) . А большая часть имен существительных женского рода в номинативе ед. числа оканчивалась на конечный гласный (реже согласный) основы (как правило, на -a, -i, -u). Таким образом, если в форме номинатива ед. ч. за основой следовало окончание -s, то это, как правило, было сущ. мужского рода. Но это не универсальное правило, так как были слова (в том числе, женского и среднего рода) , у которых -s было конечным гласным основы, а не окончанием. Но это уже тонкости.

В протославянском языке показатель номинатива ед. ч. -s постепенно отпал, и остался гласный основы или, если основа оканчивалась на согласный, то тематический ("вставной") гласный. В древнерусском языке все гласные основы у сущ. муж. р. в форме номинатива ед. ч. перешли либо в Ъ (который читался как [э]) , либо в Ь (который читался как очень краткое [и]) . Кстати, отсюда дореволюционный Ъ в конце слов, оканчивающихся на твердый согласный. Со временем эти конечные гласные тоже отпали, и в современном русском языке существовавшее некогда окончание Ъ либо не произносится, либо переходит в сильную позицию [о] в производных и сложных слова (нос (Ъ) , но носОвой и носОглотка) . Существовавшее некогда окончание Ь осталось на письме, но фонетически исчезло, оставив в качестве следа палатализацию предыдущего согласного (например, в слове пень) .

Возвращаясь к вопросу. Если слово "пень" является по происхождению индоевропейским (что до конца не понятно) , и всегда имело мужской род (иногда слова меняют род) , то когда-то его "предок" в номинативе ед. числа имел окончание -s. Если же слово "лень" всегда имело женский род, то его индоевропейский предок не имел окончания -s в форме номинатива ед. числа. Т. е. различие между пень и лень вследствие того, что они разного рода, когда-то существовало, но со временем "стерлось". Поэтому, в современном русском языке они имеют одинаковое окончание в форме именительного падежа ед. ч.

Если Вас интересует вопрос, откуда вообще взялась категория рода, и почему одни слова мужского рода, а другие -- женского, введите в окно запроса Яндекса "происхождение категории рода в индоевропейских языках ". Будет большое число ссылок на научные работы.

род от формы слова не зависит.

Миша и Маша.

Потому что пень-пенёк, день-денёк, а вот лень - мужского варианта нет.

Пенька .В смысле материала.
Жена пня. Русский язык очень богат, чтобы втиснуть его в ярьмо дурацких правил
Мне наплевать на правила, котые знает только Люда
А кто сказал, что лень - это лень.
Слово произошло от старославянского . лѣнъ .
http://rusbook.com.ua/russian_classic/nikitin_vn/mnogostradalnyie.10518/?page=22
ослушайте-ка, ребятушки, что я вамъ скажу, началъ Андреевъ, пересмотрѣвъ тетрадки. --Красивѣе всѣхъ написалъ Иголкинъ, но онъ сдѣлалъ большую. ошибку въ послѣднемъ словѣ "лѣнъ", написалъ вмѣсто ѣ -- е, а чрезъ это сталъ не "лѣнъ", а "ленъ". Лѣнъ, значитъ лѣнился, лѣнивый и подъ этимъ словомъ подразумѣвается человѣкъ, а ленъ, --растеніе. Поняли теперь, какая разница между словомъ -- ленъ и лѣнъ?

Великий и могучий.. . Вообще, слова с Ь в конце- одна из больших проблем для иностранцев, изучающих русский язык. Объяснить логически очень сложно. Правил почти нет (разве что: все слова на -ОСТЬ - женского рода, за исключением ГОСТЬ; все названия месяцев на -Ь в конце- мужского рода; слова на -ТЕЛЬ - мужского рода, за исключением АРТЕЛЬ, МЕТЕЛЬ) . Существует словарь, в который включены только слова с -Ь в конце - для определения родовой принадлежности ( я видела такой словарь) . Так что, чтобы понять родовую принадлежность подобных слов, надо обратиться к их историческому происхождению, а это очень далеко нас уведёт.

Потому же, что и "слово" - среднего

Потому что все слова придумывались мужипнями) А женщины в это время леняли.)

точно

глупый вопрос. почему же имя "Никита" мужского рода? Чтобы определить род надо задать вопрос к слову. А каждый знает что "пень"-какой, а "лень"-какая.