Словообразование

От одной глагольной основы возможно образование двух видов отглагольных имён существительных: девербатива имени действия (сев, преобразование, спасение) и имени действующего лица или отправителя действия (сеятель, преобразователь, спасатель) .
1) Вредитель образовано не от вред, а от вредить (учитель - учить, смотритель - смотреть и т. д.) . Существительное образовалось от глагола, который образовался от другого существительного. Определить можно по суффиксам. Это и есть отправитель действия.
2) Имя действия от слова прилетать - прилет (т. к. нет слова прилетание, иначе было бы оно) .
Так что оба Ваших слова - существительные, образовавшиеся от глаголов.
В других случаях считается, что не существительное является отглагольным, а глагол образован от существительного.

Нужно построить схему (стемму) словообразования, обязательно размышляя над значением слов в цепочке или гнезде. . Я не уверена, что правилен тезис об образовании вредитель от вред. Убираем конечный суффикс тель, Получаем глагольную основу вреди (ть) . От неё усечением образуем слово вред и суффиксацией- вредитель. Оба слова образованы от вредить. Это гнездо.

Прилетать и прилет -----убираем ть, затем А, остается прилет. Значение одно, части речи- разные. Это цепочка. Но словообразование -коварная штука, можно перепутать с морфемикой, то есть составлм слова. Потому чаще - в словарь словообразовательный заходить надо.

Потому что они однокоренные!