Когда употреблять томаты и помидоры ?

Одинаково употребительны. ПОМИДОР заимствовано в 19 веке из итал. , возможно, через французский. У ацтеков это растение называлось МАТЛЬ, французы переделали в tomate- получился томат.
Сначала пришёл помидор, потом томат.
Привычнее для русских ПОМИДОР, потому что первое услышали и употребляют в основном в бытовом смысле. А вот книги кулинарные часто переводные, там чаще ТОМАТ, тем более, если французская книга или испанская. Вот и получилось- говори как хочешь: пюре из помидоров, паста томатная, сок томатный из помидоров.

Если Вы про употребление СЛОВ, то в России принято
говорить ПОМИДОР (искаженное франц. pomme d'amour).
Однако сок почему-то ТОМАТНЫЙ.
В английском TOMATO, немецком TOMATE

всегда

– Не ешьте на ночь сырых помидоров, – советовал Остап, – чтоб не причинить вреда желудку.
Ганье, будто профессор из Хоггвардса, читающий лекцию о загадочном и необъяснимом, тревожно бормочет: «Вы говорите: “Помидор”, а я говорю: “Странное существо”»
— Гиви, ты помидоры любишь?
— Кушать люблю, а так – нет…

Я начал испытывать к помидорам некоторую опаску, но всё же продолжил чтение: «Это странное существо, как и его родственники из семейства пасленовых, все же имеет и положительные качества. Помидор помогает сократить избыточное содержание жира в теле, а также оказывает охлаждающее действие на обмен веществ. Другое ценное качество помидоров: они успокаивают печень и уменьшают жар в ней».

употреблять в еду всегда - они полезные,
а если точки зр. языка, то говорите помидоры, так всем привычнее