Почему слово "медленно" пишут с двумя "Н"? Разве это слово звучит хотя бы с продолжительным звуком ннн? Ведь нет!

Медленно-наречие, образованное от прилагательного "медленный" ( суффикс енн-это правило "в суффиксах онн; енн пишем две н" )

Десять существительных среднего рода на -мя (окончание -я) : время, бремя, стремя, племя, пламя, знамя, темя, семя, имя, вымя, а также существительные путь, дитя относятся к разносклоняемым (они имеют окончания разных склонений).

"Медленно" - говорим именно длинный звук. Может, у тебя лично такая манера, что ты его сокращаешь, но я последил за собой и за своими ближайишми собеседниками - все просизносят длинно.
"Время" (стремя, пламя, вымя) - слова-исключения, их специально в школе наизусть заучивают.
Язык не всегда организуется по соображениям логики. Язык - штука живая, он живет без оглядки на распоряжения правительства или научные симпозиумы. Например, слово "зонт" - не существует в природе. Оно пришло к нам из французского в виде именно "зонтик". И русские по привычке сочли цастичку "ик" суффиксом, отсюда появилось "самодельное", противозаконное слово "зонт". А теперь, поглядите- оно уже прописалось в словарях благополучно. Слово может приобрести законный статус совершенно не по логике и не по решению лингвистов - а чисто "де факто", из-за широкого распространения в народе. Потому что язык живет САМ, и ученым не подчиняется. Они только вынуждены констатировать его эволюцию.
Поэтому, если ты не находишь логики в каком-то правиле языка, то не удивляйся, она там быть не обязана!

Медленно-действительно наречие, образованное от прилагательного "медленный" . Только прилагательное отглагольное и является исключением. Медлить - что делать? - несов. вид, но в прилагательном приобретает значение совершенного, как, например, видеть - виденный, хочется добавить "много раз" или произнести с приставкой "увиденный".
Вот и "медленный" воспринимается как сов. вид - с приставкой "замедленный".
А вот во втором "алогизме" как раз всё логично, в соответствии с нашим произношением:
Время -нет времяни, времянный, времянем - попробуйте так произнести - не получится, если вы говорите не на диалекте с "аканьем".
Логичнее было предложить И, так произносится легко, но суфф. –ен- возник не в современном языке, он остался от праславянского, а потом и древнерусского языка, т. к. раньше эти слова входили в состав пятого склонения на -n*, и в косвенных падежах имели основу на "н" : соответственно (времени, временем, о времени и т. д. ) . Затем появился так называемый закон открытого слога, по которому все звуки в слоге могли располагаться лишь по нарастающей звучности, заканчиваясь гласным. Поэтому *en перешёл в носовой звук. Со временем носовые звуки исчезли из русского языка, т. к. их было только два, и на смену бывшему носовому э пришёл я (не вдаваясь в фонетические детали) . Там, где слова склонялись, слог заканчивался на гласный, поэтому *en сохранился, не перешёл в носовой и не претерпел дальнейших изменений, а теперь в составе разносклоняемых существительных -ен- остался скорее как интерфикс .
Поэтому эти слова и запоминают, они пишутся в соответствии с традицией.

дело в том что сначала люди научились говорить и только потом писать. это во всех языках, кроме искусственных.

язык эсперанто. тут получается всё наоборот. его составили без всяких исключений, а потом люди начали на нём говорить.

Я понимаю стремление вашей души найти логику и упорядочить свою жизнь) Но это невозможно. И не стоит пытаться так подходить к языку, ещё больше не стоит возмущаться его строем, пытаться указать, выставить что-то несуразным - это просто бессмысленно. Язык такой, каковым он является. И правила эти достаточно легко запомнить. Сейчас я уже старею и память моя слабеет, плюс отупляющий эффект компа, но в детстве мне казалось всё лёгким и давалось легко, достаточно просто принять правило и сразу его запомнишь.