Человек в совершенстве владеющий несколькими языками на каком думает?

Зависит от ситуации. Можно сказать, попеременно,
причем обычно сам не осознает, на каком именно.

На том, на котором в данный момент говорят вокруг.

Ну или - на котором он сейчас читает книгу, смотрит фильм и т. п.

Да нельзя в совершенстве владеть сразу несколькими. Чтобы уметь думать на них.
Двумя, максимум тремя, да и то вряд ли.

на котором с родителями разговаривает

mother tongue

Внутренний монолог можно вести на языке, который более менее прилично знаешь. Выкрикивать междометия (напр. матюги) можно вообще на любом языке (как привыкнешь) .
Но энтот внутренний монолог - не единственная и не главная форма "думания". Очень часто мысль вообще идёт помимо языка. (это любой желающий может проверить, понаблюдав за собой, если это не противоречит его убеждениям:)

на родном

Для каждого человека это по-разному. Некоторые люди воспринимают язык лишь как средство передачи информации; такой человек, выучив язык, все равно не чувствует его в полной мере, хотя и может использовать для вербального убеждения и /или переубеждения собеседника, а также в размышлениях ''про себя'', и в разговоре с самим собой. Сказать, что есть одно какое-то правило по которому все люди пользуются языком в одинаковой мере однообразно - то же самое, как если сказать, что театралы все одинаковы и говорят шекспировским языком и не знают ни мата ни просторечия, или к примеру, сказать, что еще до проверки уровня IQ, уже совершенно ясно, что у шахтера или дворника этот уровень ниже, чем у преподавателя истории. . А мы все прекрасно знаем, что это не так. Стереотипы ломают реальность. Про себя могу сказать, что идя по улице, спокойно разговариваю с воображаемым другом на английском. Споткнувшись, могу чертыхнуться на французском. Могу писать рассказ на русском языке, периодически вставляя иностранные слова, просто из-за того, что не могу сразу найти замену, отражающую смысл в полной степени.

Зависит от окружения и других факторов, после 5 пар английского в универе была в состоянии соображать только на нём, после недели в Хельсинки недоумевала про себя на финском, почему вокруг вся реклама на русском.

на том, на котором чаще общается. По себе знаю.