Подскажите пожалуйста, какие гласные и согласные звуки не представлены самостоятельными фонемами?

Наоборот. Фонема ---это абстрактная языковая единица. ФОНЕМА представлена В РЕЧИ отдельными, "живыми" звуками ---в зависимости от позиции в слове.
Например:
фонема <А> представлена в живой речи звуками:
/А"/: тр/А"/вы ---в сильной позиции (под ударением) ,
/ √ / : тр/ √ /ва" ---в слабой позиции (в первом предударном слоге,
/Ъ / : тр/ Ъ /вяно"й ---в слабой позиции (во втором предударном слоге) .
Эти звуки / А, √ , Ъ / и представляют в речи в разных позициях одну фонему < А >.
Другой пример. :
фонема /Б/ в речи представлена в живой речи звуками:
/ Б / : ду/ Б /ок ---в сильной позиции (перед гласным звуком) ,
/ П /: ду/ П / ---в слабой позиции ( в конце слова, где происходит оглушение звонкого согласного) .
Эти звуки / Б, П / представляют в речи в разных позициях одну фонему < Б >.
В каждом языке есть определенное количество гласных и согласных фонем, которые реализуются в речи самыми разными звуками. Так, в современном русском языке ---43 фонемы: 6 гласных и 37 согласных фонем, согласно одной из точек зрения. Звуков же, реализаций этих фонем, очень много.
ДОПОЛНЕНИЕ. Человек вообще может произнести огромное количество самых разнообразных звуков. Например, отфыркиваясь в воде, произносит нечто СРЕДНЕЕ между звуками /П/ и /Ф/, или звук /П ---> Ф/, но этот сложный звук не служит различителем звуковых оболочек слов или их форм, не выполняет дифференцирующую функцию и потому фонемой не является. Можно привести много подобных примеров: звуки произносятся, а фонем нет. Может быть, Оксана, именно это дополнение является непосредственным ответом на Ваш вопрос?

ю я ё

Е (йэ)
Ё (йо)
Ю (йу)
Ц (тс)
Я (йа)
По-моему все.