знающим историю английского языка почему некоторые буквы не читаются в буквосочетаниях?

Сочетание wh в древнеанглийском произносилось и записывалось как hw. Слово what писалось hwæt и так же произносилось. Для сравнения современный норвежский: hva "что".
В дальнейшем сочетание hw в начале слова распалось, если за ним следовало "о", то сохраняло звучание "h" - who, whose, whole. Перед другими гласными сохраняло звучание "w" - what, where, wheel. В американском произношении до сих пор произносят what как hwat.
Сочетание gh внутри слова произносилось как русское "Х" или немецкое "ch". Для сравнения: англ. night - нем. Nacht (НАХТ) , англ. daughter - нем. Tochter (ТОХТЕР) . Впоследствии этот звук либо исчез совсем, либо изменил качество и стал произноситься как f: англ. laugh - нем. lachen (ЛАХЕН) .
Всё это исконно английские слова общегерманского и даже общеиндоевропейского происхождения.

Раньше читались, потом произношение упростилось, а написание осталось.

Потому существует транскрипция и понятие spelling, характерньiе для английского язьiка.

Потому что раньше язык был сложнее. А со временем урощался. Написание же упрощается гораздо медленее чем речь.

Wh почти до нового времени читалось так, как было исторически, hw, звучали обе согласных. В американском английском это норма до сих пор, несмотря на написание. Что неизменно удивляет изучающих американский вариант, например, по учебнику В. С. Шах-Назаровой.

В американском английском различается произношение w и wh. Gh - просто стало непроизносимым или заменилось звуком, сходным с вышедшим из употребления.

Что верно для любой грамоты.. . в европейской традиции, по крайней мере.
Правописание - это свод законов, выявление связей, подноготной и пр.

Отсюда расхождение с живой речью - даже вода в трубе водопровода не заполняет весь дозволенный объём.... Иначе застой!

Орфография анг. языка - историческая. Пишется так, как читалось N сотен лет тому назад. Устный язык меняется, а правописание остается прежним. Именно те буквосочетания, что вы указали, - это германский пласт лексики, не читаются в основном через компенсаторные процессы: гласные удлинились - согласные пропали. Вкратце как-то так.

так в русском тоже самое

Эти буквы не появились. Они наоборот остались. Устная речь меняется быстрее и в основном в сторону укорачивания слов говорящие стараются поудобнее и побыстрее сказать и поэтому в-основном глотают окончания и сглаживают чрезвычайно сложную артикуляцию.
Письменность же стала общедоступной только в последние века, а до этого монахи и писцы бережно хранили старые варианты написания (профессия писца даже когда-то была престижной) .
В наше время уже появляются поползновения упростить синтаксис под стать произношению, но пока что люди часто бывают против такой вольности.
Хотя, для сравнения, в старом русском раньше все личные глаголы оканчивались на -ся: боюся, купаюся, пройдуся, скуплюся.. .
А в наше время мы уже давно и говорим и пишем без этой последней "я", то есть мы ее "проглотили" для удобства и это стало нормой.

Это надо предков спрасить язык менялся десятилетиями и продалсает менятся