Вопрос про СОГЛАСОВАНИЕ ВРЕМЁН в АНГЛИЙСКОМ языке.

Судя по тому, что важен сам факт - скорей всего! - надо использовать Perfect.
А поскольку главное - в Past indefinite, то сдвиг до Past Perfect. Ведь нет упоминаний, что процесс продолжается - для Past Perfect Continuous...
Соответственно, "I knew that my sister HAD studied French"

Если речь о том, что она изучала его в определенный момент времени, точно совпадающий с моментом произнесения реплики:
I knew that my sister was learning French (я знал, что она вот сейчас сидит и изучает его).
Если речь об известном факте изучения языка в прошлом на момент реплики (момент произнесения реплики отграничен от процесса изучения языка в более отдаленном прошлом):
I knew that my sister had studied French (я знал, что у нее есть опыт изучения языка).
Если речь об известном факте изучения языка момент реплики (момент произнесения реплики не отграничен от процесса изучения языка, но и не совпадает с моментом изучения):
I knew that my sister studied French (я знал, что она изучает его - это для нее привычное занятие).
Если упор на процесс изучения языка определенное время в прошлом на момент реплики:
I knew that my sister had been studying French (for two weeks already, but unsuccessfully) - (я знал, что она уже две недели как изучает его, да успехов пока нет).