Что означает "Микишка" из поговорки "Бог не Микишка - у него своя книжка!"

Это обычный холоп, имя которого просто рифмуется со словом "книжка".

Ну, не знаю. У нас говорили: "Бог не Микишка - как стукнет, так шишка!"

Кто такой Микешка?

Следует сразу отметить, что существует несколько вариантов произношения данного имени: Микешка и Микишка. В народных пословицах встречаем оба варианта.
Также интересным фактом является то, что имя это всегда пишется с заглавной буквы. Это подчеркивает, что перед нами имя собственное.
Выделим корень и аффиксы в данном слове: Мик - корень, ешк (-ишк) - суффикс, a - окончание.
Итак, корень слова "Мик". Так как слово относится к именам собственным, то искать его происхождение также будем среди имен собственных, а именно среди имен людей.
Напоминаем, что много славянских имен было образовано от еврейских. Поэтому неудивительно, что мы находим такое еврейское имя, как Мика. Это имя легло в основу более известного нам имени Михаил. В переводе Мика обозначает «Кто как Бог?» (именно в вопросительной форме) и толкуется как "никто не равен Богу".
Получается, что употребляя выражение "Бог не Микешка", мы имеем в виду, что Бог выше всех и нет никого равного Ему.
Теперь обратимся к суффиксам -ешк- и -ишк-. Их значения подтверждают сказанное выше. Из книги известного лингвиста В. В. Виноградова "Русский язык" узнаем, что:
- суффикс -ишк зачастую несет презрительно-уничижительную окраску (делишки, письмишко);
- суффикс -ешк также обычно выражает пренебрежительное значение, часто используется в разговорной речи (головешка, пельмешка).
Следовательно, с помощью суффиксов -ешк- и -ишк- подчеркивается несколько презрительное отношение к Микешке.
Таким образом, Микешка - это тот, кто находится намного ниже Бога, кто никогда не сможет быть ему равным.

Толкуют в народе пословицу так - на микине всевышнего не проведешь, всё видит и каждому воздаст по заслугам..