Как восстанавливают звучание древних языков у которых письменность была не алфавитная?

вообще-то даже наличие алфавита не помогает, фонемы меняются, звук, который писался какой-то буквой может измениться.

Ни как. Это сделать невозможно принципиально.
Даже для тех древних языков, у которых письменность была вполне себе алфавитная и, более того, которые сегодня очень активно употребляются специалистами разных областей науки и техники.
Скажем, ни кто в мире не знает, как на самом деле звучала... латынь. Или древнегреческий.
А эти языки изучены что называется вдоль и поперек.
Что касается древнееегипетского, на который вы возможно намекаете, то в нем как класс отсутствуют гласные звуки (как в иврите, арабском или арамейском письме), то там звучание восстановить невозможно даже приблизительно. Ну или очень-очень приблизительно, ориентируясь на коптский.
Более того - вопиющий пример современный Китай. Все владеющие грамотой люди без проблем понимают письменный язык. При этом совсем не факт, что эти люди поймут друг-друга, если будут общаться очно. Диалекты очень-очень разные, а письменный язык один.
Что то похожее есть и в арабском языке. Арабы из Алжира с большим трудом понимают (если понимают вообще) арабов из Ирака.
Вот как то так.

Такие языки по пальцам пересчитать можно.
Аккадский восстановлен по живым родственникам и по арамейским транслитерациям. Шумерский - через аккадский, но очень плохо. Например, многие учёные считают, что он мог быть тоновым, но никаких прямых доказательств этому нет.
Звучание египетского вообще практически неизвестно - все используемые в культуре вариации - не более, чем предположения.