Английский. Как правильно спросить.

We have been waiting for the bus for two hours. - Мы ждем автобус уже два часа. Это действие связано с настоящим временем, оно либо до сих пор продолжается, либо только что закончилось.
We had been waiting for the bus for two hours. Это время подразумевает, что действие продолжалось два часа К КАКОМУ-ТО КОНКРЕТНОМУ МОМЕНТУ В ПРОШЛОМ. Например, можно сказать: We had been waiting for the bus for two hours when it finally arrived. - Мы ждали автобус уже два часа, когда он наконец прибыл. By lunchtime we had been waiting for the bus for two hours. - К обеду мы ждали автобус уже два часа.
Если вы хотите просто сказать о действии в прошлом - мы ждали автобус два часа - то используйте Past Simple. We waited for the bus for two hours.

Ни один из них. Про артикли уже молчу.
We waited for the bus for two hours.

We waited for the bus for two hours

We have been waiting for the bus two hours.

Второй вариант точно правильный, потому что там присутствует прошедшее время.

Вы все немного неправы, правильно we have been waiting for the bus for two hours

Артикли неправильно расставлены, второй вариант только правильный. Вы можете записаться на курсы английского и подтянуть знания в данной области.