Употребление времени Past Perfect в английском языке

One too many.
Past Perfect и так не часто используемое время, а два раза в одном предложении - это слишком. При этом неясно, какое действие предшествовало другому и какому предшествовали они оба.
Для задания time frame достаточно одной формы, остальное будет подразумеваться.

The words that Basil's friend had spoken touched his soul.
The past perfect tense usage.
Форма: вспомогательный глагол had и причастие прошедшего времени от смыслового глагола.
1. Действие, свершившееся до определённого момента в прошлом. Момент задаётся:
a) непосредственно by 5 o’clock, by noon. I had done my homework by 6pm. К шести часам я уже сделал домашнее задание.
b) косвенно другим событием, выраженным в past simple. Mother had cooked the supper by the time we came home. К тому моменту, когда мы пришли домой, мама уже приготовила ужин.
2. Вместо past simple, чтобы подчеркнуть, что одно действие совершилось раньше другого. We had bought some flowers before the train arrived. Мы уже купили цветы до прибытия поезда. Before the train arrived, we bought some flowers. Прежде, чем поезд прибыл, мы купили цветы.
3. Условие в условном предложении третьего типа: If you had done it, you would have been expelled. Если бы ты это сделал, тебя бы исключили.

Вот статья как раз на тему употребления времени https://skyeng.ru/articles/chto-nuzhno-znat-o-soglasovanii-vremen-v-anglijskom и про согласование времен) надеюсь будет полезно) думаю там можно было бы и без второго had обойтись, как бы подчеркивание что действительно задело.