В одной из книг по лингвистике нашёл число в 3% от общего числа языков, т. е. около 200. Однако Википедия приводит список из целых 90 языков с числом носителей более 10 000 000.
Является ли тезис о 3%-й доле языков-"миллионников" верным?

Там гнойник как раз в том месте, где разногласят по поводу разграничения языков и диалектов. Тот же хиндустани разбивают не только на урду и хинди, но и на более мелкие языки вроде дахини (11 млн). Таких дискуссионных языков куча: кечуа, арабский, бахаса, фула, даргинский, аварский, китайский, норвежский и прочие. От дробления этих языков на подъязыки зависит и эта статистика.
Лингвистике пофиг
книга была явно не по лингвистике...
даже Эсперанто владеют более 1 млн.
Как правило, проблема в том, что в списке языков по числу ГОВОРЯЩИХ считают и собственно носителей и тех, кто его учит как второй-третий. Допустим, по немецкому часто фигурирует кол-во ок. 220-230 млн. Но реальное число именно носителей немецкого это ок. 100 млн. Всё остальное - это те, кто его учит как иностранный.
В вашей цитате имеется в виду именно по носителям (т. е. применительно к немецкому - 100).
Но в целом обе приведённые вами цифры выглядят адекватными. Понятно, что и 200 и 3% - это всё приблизительно. Может, их 250, но порядок чисел корректный.
Если и не 200, то точно больше сотни.
В одном только Евросоюзе 26 официальных языков, у которых больше миллиона носителей. И это без учёта большей части славянских и балканских языков, без "малых" языков типа каталанского и баскского, и прочих, которых ещё больше десятка наберётся.
В Индии аналогично, более 20 официальных языков-миллионников. Сколько всего в Азии таких языков - трудно сказать, но с учётом всяких уйгурских, мазандеранских и талышских, не менее полусотни наберётся.
Плюс Африка, где только у самых популярных языков гораздо больше 10 млн носителей. Сколько там мандинок и прочих камба со своими 1,5 млн носителей - вряд ли вообще кто-то считал.
В Южной и Центральной Америке тоже много крупных индейских языков. У одного только кечуа почти 15 млн носителей.
Даже в России как минимум 4 языка с более чем 1 млн носителей - это татарский, башкирский, чувашский и чеченский.