Помогите разобраться с английским

Потому что в первом случае время PrC а во втором PrS

Потому что в первом случае используется довольно особенный глагол to be, который спрягается именно так - I am, you are, he is...

Не путай действие и состояние.

Английский вопрос должен начинаться с глагола. Глагол be (он же are) и ещё несколько (can, must, should, may) могут сами вставать на первое место, а остальные нет - им нужен помощник do. Вот проанализируйте эти утверждения и образованные из них вопросы и, может, поймёте.
You are here. - Are you here?
You agree with him. - Do you agree with him?
You speak English. - Do you speak English?

Do "делать" и are "быть" - разные глаголы, и, как и любые слова, впиндюривать их куда захочется нельзя. Если сделать так, как хочешь ты, получиться "Ты делаешь здесь?" и "Ты есть согласен с ним?". Если не понял, звучит это так себе в том смысле, в котором эти фразы употребляются, что и является причиной запрета на такое "богохульство".

потому что в первом случае глагол to be - это are и ставится перед прилагательными или перед какими-то простыми словами, как здесь... допустим. Ты являешься здесь? потому что are переводится фактически как является. Во втором случае do с глаголами ( как бы в действительности как бы так сказать, но это просто для акцента) Соответственно to agree это соглашаться.