Как так получилось что среди всех балтоскандинавских стран эстонцы и финны стоят особняком,

Как всегда Россия помешала онемечиванию Прибалтики и ошвечиванию финнов, включив их территории в состав своей Империи, тем самым сохранив национальную идентичность. ранее же основная часть населения прибалтийских и финских городов были - немцы и шведы соответственно.

Финны и эстонцы — это родственные народы финно-угорской группы, а также же и наиболее многочисленны среди народов прибалтийско-финской подгруппы (к ней также относятся выру, сету, ингерманландцы). На территорию современной Финляндии племена суоми (сумь) перешли с территории современной Эстонии. Отсюда сохраняющаяся близость языков и культур двух народов: финны с эстонцами соотносятся примерно как русские с украинцами или испанцы с португальцами.

Территория будущей Финляндии была завоевана в XII веке Шведским королевством. Местное население обратили в христианство — с этого времени финны начинают развиваться в русле западно-христианской цивилизации.

Просто они нах ни кому не нужны.

И в Дагестане, бывает, соседние аулы не понимают друг-друга.

Языки уж слишком разные, финский на шведский совсем не похож, как и эстонский на латышский, взаимопонимабельности никакой. Вот и получилось, что финно-угры сами по себе, прибалты и скандинавы тоже.
А будь языки родственными, как знать, возможно язык более многочисленного и развитого народа и потеснил бы язык малого соседа или даже вовсе заменил бы его.

А что тут странного? Народы расселяются как придется, отдельные ветви могут отрываться от других. Предки финно-угров начали заселять восточно-европейские земли вероятно раньше балто-славян. И если взглянуть исторически, земли от Финляндии до Эстонии этнически связаны, между ними жили ижорцы, водь, емь, корела. Часть из них постепенно ассимилировалась русскими или финнами. Если народу удавалось вырастить национальную интеллигенцию, то шансы сохранить национальную идентичность были. Если же оставались простыми крестьянами, живущими в непосредственной близости с представителями более крупных народов, то постепенно растворялись, как это произошло с ливами.
Вот они жили (и живут) в Латвии, в отрыве от других финно-угров, этнокультурной автономии не имеют и постепенно ассимилируются.
И почему эсты должны были перенять литовскую культуру? Под литовцами они никогда не были. Скорее, у них был шанс онемечиться.

Просто сумели сохранить национальное сознание. Так же, как венгры, которые успешно пережили ассимиляцию тюрками, иранцами и германцами, и баски, наплевавшие на тысячи лет индоевропейского владычества.
А помимо них была куча других народов, которые либо полностью исчезли, либо на грани вымирания - как те же ливы и саамы, не говоря уже о десятках племён, ассимилированных на территории России.