Профессионалы русского языка,проверьте пожалуйста предложение :)

Что ты морочишь себе голову? Просто разбей его на несколько простых :)

Первый ответ правильный.
Но фраза действительно ужасная. Кто там "в итоге уходит ни с чем"? Смысл теряется в этих нанизанных друг на друга оборотах.
Надеюсь, это не Вы сочинили?

Я думаю, что здесь ( так и не узнали в рядом проходящем пассажире) должно быть в рядовом ...

Тем не менее, вся эта прекрасная история закончилась на том, что все успокоились, выяснив, что оказывается дедушка ???(дефис тут нах нужен? ) то пил всего лишь простую воду, а милиционеры, извиняясь перед ним за предъявленные обвинения, так и не узнали в рядом проходящем пассажире того самого беженца, благодаря которому ???(дефис тут нах нужен? ) то и произошла вся эта прекрасная встреча, в итоге уйдя ?? ( Тут не нужна зпт) из почти отправляющейся электрички ни с чем.. .

В целом конструкция корявая.
Унылое говно.

Тем не менее, вся эта прекрасная история закончилась на том, что все успокоились, выяснив, что, оказывается, дедушка-то пил всего лишь простую воду, а милиционеры, извиняясь перед ним за предъявленные обвинения, так и не узнали в рядом проходящем пассажире того самого беженца, благодаря которому-то и произошла вся эта прекрасная встреча, в итоге уйдя из почти отправляющейся электрички ни с чем...

По-моему в первой строке после союза "что" и "оказывается" нужна запятая.. . Обособляются они...