Почему Пилат не столь отвратителен, как другие отрицательные персонажи романа "Мастер и Маргарита"?

Потому что нам показывают его муки совести. Да ещё Иуде отомстил. А у мелких сошек типа Стёпы Лиходеева какие муки? У них другое предназначение в романе.
Кающийся грешник всегда привлекательней безгрешного. Так уж наша психика устроена. В точности по Библии, кстати.

Я не соглашусь с тем, что в романе Булгакова нет положительных и отрицательных героев. Да, разумеется, его положительные герои - не святые, тем не менее деление на, скажем так, героев света и героев тьмы присутствует (кто хочет, может назвать это по-другому, я не настаиваю на терминологии).
Пилат "не столь отвратителен" потому что он - крупное Зло, государственное Зло. А у государственного зла всегда найдется множество защитников, исходящих из "высших" интересов. Поэтому девушки, мучащие котенка отвратительны и ни у кого из вменяемых людей не вызывают сочувствия, Чикатило, убивший полсотни человек, омерзителен всем людям с нормальной психикой. А вот государственных деятелей, на чьей совести тысячи замученных, почему-то у многих вызывают положительные эмоции.
Пилат - государственный человек. Пилат творит историю. Он не мелкий пакостник вроде Лиходеева или Андрея Фокича Сокова. Творя зло, он не выглядит жалким и ничтожным. Он творит величественное зло.
Поэтому он не то что "не столь отвратителен", он таковым не выглядит.
На деле-то он не менее отвратителен.

А кто там отвратителен? Пилат вызывает и уважение, и сочувствие. Никогда не считала его отрицательным. Да и нет привычки так делить

как минимум потому, что он - НЕ ОТРИЦАТЕЛЬНЫЙ ГЕРОЙ. Делить персонажей МиМ на отрицательных и положительных совершенно бессмысленно, поскольку положительных там вообще нет! Ни единого, включая и Маргариту, и Мастера. А Иешуа - не персонаж в чистом виде, а ИДЕЯ или, если хотите ОБРАЗ, так что к нему подход с позиции +/- неприменим. Герои Булгакова неоднозначны все до одного, черно-белая раскраска - не для них.

у него есть интеллект и образование

Конечно, ведь тогда все было бы не по-русски. Вон, у Достоевского даже Раскольников, убивец, и тот не отрицательный. Ну, или отрицательный, но не очень отвратительный.)
А если серьезно, то отвратительность Зла для обычного человека соотносится не с образцами добра, а с естественностью в его проявлении.
Примерно как Ганибал Лектор (людоед-психиатр), или Декстер (садист-маньяк), они нас шокируют, но в то же время в обаянии им нельзя отказать. Когда зло может существовать в дозах, в естественном виде, в дикой природе и т. д. или быть оправданным какой-то великой целью, оно становится ручным. А что ручное может вызвать у вас омерзение или отвращение? Пилат - представитель власти, которая типа овладела контролем над злом внешним. Как правитель, Пилат не вызывает у нас особо нежных чувств, но и осуждения тоже. Сочувствие у читателя вызывает его земное страдание -головная боль (=зло внутри), которая делает его равным нам, приближает. Помните рассказ О. Генри, как приступ люмбаго объединил вора и его жертву?) Контроль над внутренним мучением -совесть=головная боль невозможен для Пилата и для большинства людей. Значит, Пилат никакой не Гудвин великий и ужасный, а обыкновенное человеческое существо. С душой (у тебя есть собака, значит есть душа), с совестью... Кстати, о собаке. Разве вызывает отвращение убийца Сэлден в Собаке Баскервиллей? Нет. Ему сочувствует автор, хотя вроде не пристало это ни Холмсу, сэру Генри. А Степлтон? Само зло. Почему? Ведь он никого не убивал! Он только направлял людей на дорогу зла. Страшно и отвратительно для нас не само зло, а коварство с которым оно приходит к нам.

Там вообще нет ярко выраженных отрицательных персонажей на мой взгляд.
Что за привычка все делить на положительное и отрицательное?