Есть ли книги у которых по каким либо причинам "потеряны" части?

От второго немало осталось...

У 90% античной литературы.
Потому что христиане уничтожили почти все "идолопоклоннические", языческие произведения: что не сожгли, то смыли, чтобы написать на пергаменте, освобожденном от "поганой философии", свои рассуждения о достаточном количестве ангелов на конце иглы.
Кое-что переписали арабы в Египте, кое-что уцелело в Византии. А остальное -- заметки на полях, обрывки строчек, только названия... От 44 комедий Аристофана осталось 11. От 92 трагедий Эврипида -- 19, причем 12 трагедий неизвестны даже по названиям.
Такие дела.

Первое, что вспомнилось (предыдущий ответ подсказал) - две считающихся пропавшими книги из "Истории" Корнелия Тацита; кроме них:

Из первоначальных 86 глав и доп. тома иллюстраций трактата по стратегии Вэнь цзы до нашего времени дошли только первые 30 в очень плохом состоянии- крупные лакуны в тесте, большие куски текста испорченные настолько, что не поддаются прочтению.

Крупная временная лакуна между четвертой и пятой частями "Непрошеной повести" Нидзё, позволяет предположить, что там все таки были еще как минимум две части.

"Шесть записок о быстротечной жизни" Шэнь Фу состоят всего из четырех разделов. Две последних главы.... (не дошли до нас, так и не были написаны, уничтожены цензурой, кто знает???)

Рукопись анонимного средневекового приключенческого романа "Самак айяр" обрывается на середине фразы. Экспертиза вроде установила, что темные пятна на ее последней странице- действительно кровь. Что тут сказать? Поневоле вспоминается:

...Мне ясно кажется, что кровь
Пятнает многие страницы.
И терн сопутствует венцу,
А бремя жизни — злое бремя…
Но что до этого чтецу,
Неутомимому, как время!

Ну например я читал Стругацких "ОЗ" (Обитель зла или ноль три). Она написана в виде кусков рукописи. В целом это наверное самое худшее что я читал у Стругацких.

Аристотель написал книгу о жанре трагедии. В романе Умберто Эко «Имя розы» злодей убивал монахов в монастыре, чтобы никто в мире не узнал, что Аристотель написал еще одну книгу (но эта книга о жанре комедии), и единственный уцелевший экземпляр этой книги находится в этом монастыре.