Если Понтий Пилат сам приказал убить Иуду, то почему в конце они обсуждают убийство с Афранием, будто бы ничего не знают

Здесь желательно различать происходившее НА САМОМ ДЕЛЕ, в реальности, и домысленную версию, представленную нам автором "Мастера и Маргариты".
Историческая суть заключается в том, что настоящий Пилат обязан был предотвратить любое поползновение сделать Иудею вновь независимой. К тому времени, когда прокуратором последней стал он, сын звездочета, всадник, облеченный гигантской властью Понтий Пилат, Иудея была под властью Рима, являлась одной из его провинций. И появление Мессии," царя иудейского",означало вполне возможные бунт, волнение, кровопролитие и так далее. В общем - войну. Поэтому иудейская знать и решила, во имя собственного спокойствия и под предлогом спасения всего народа иудейского от мести римлян, выдать Иисуса, что и сделала. Они рассуждали так : "Если оставим Его так, то все уверуют в Него, - и придут Римляне и овладеют и местом нашим и народом 29 . Один же из них, некто Каиафа, будучи на тот год первосвященником, сказал им: вы ничего не знаете, и не подумаете, что лучше нам, чтобы один человек умер за людей, нежели чтобы весь народ погиб" (Иоан. 11, 48 - 50)И это несмотря на то, что Иисус имел в виду не занятие царского трона, на что имел, в общем-то, право, являясь потомком царя Давида, а власть духовную, желая быть Учителем, который приведет народ свой к истине, к настоящему богу, что поможет, возможно, через это осознание восстановить когда-нибудь еврейское царство. Пилат, допросив Иисуса, понял, что не имеет место покушение на власть Рима, и собирался отпустить Назареянина, но... "С этого времени Пилат искал отпустить Его. Иудеи же кричали: если отпустишь Его, ты не друг кесарю; всякий, делающий себя царем, противник кесарю" (Иоан. 19, 12). "Первосвященники" и знать иудейская, чтоб обезопасить и себя и не допустить столкновения народа Иудеи с римлянами, вынудили Пилата казнить Христа. Это - ИСТОРИЯ.
А в книге мы видим несколько иное: книга Булгакова - это смешение фрагментов исторической правды и фантазии автора, дополненные размышлением о том, как несправедливость, совершенная человеком, влияет на его душу и её посмертное существование. Даже если эта несправедливость - в прямом смысле слова ЖИЗНЕННАЯ необходимость для совершающего её.Почему Пилат и отдал приказ о казни и покарал предателя и вел, казалось бы, весьма странную беседу с Афранием?
В сцене разговора перед нами - двое понимающих друг друга с полуслова, с полунамека... А вокруг много ушей доносителей (чей слух ве-е-есьма тонок ),для которых, услышь они речь не завуалированную, а ОТКРЫТЫМ ТЕКСТОМ, вполне был бы понятен момент слабости Пилата - отмщение за ПРЕДАТЕЛЬСТВО, да, человека невинного, подставленного и оболганного, но... уже осужденного на смерть иудейскими первосвященниками, что весьма на руку власти Рима. А далее недалеко и до осознания почти измены прокуратора : ведь он фактически отдал приказ убить предателя того, кто МОГ угрожать владычеству Рима. И кесарь не потерпел бы такого удара в спину от Пилата. А синица в руке - жизнь и высокое положение - была НА ЗЕМЛЕ, в жизни ЗЕМНОЙ, важнее журавля в небе - посмертного бытия, в которое, вероятнее всего, Пилат не особо верил. Поэтому - и отомстил и... отправил на казнь... или наоборот, это как удобнее. А оказалось, что журавлик-то был вполне реален... и надо было поступать по ДУШЕ, а не по прагматике жизни. Но получилось так, как получилось... И потому были потом тягучие, как паутина, секунды, минуты, часы, складывавшиеся в дни, года, века и тысячелетия ОДИНОЧЕСТВА и размышлений. И только верный пёс, верный до конца, разделял их, оставаясь единственной живой душой рядом с Пилатом. И закончилось все так, как и, вероятно, должно было быть: выстраданная ИСТИНА открыла Понтию дорогу в жизнь иную, вечную, где он, как в истории и в памяти людской, навсегда рядом с Христом.

Читайте внимательно между строк.
Булгаков всё описал предельно ясно.
Пилат отдаёт Афранию приказ убить Иуду,
и они вместе на языке, понятном только
им двоим, обсуждают тонкости этого
убийства.

Пилат боится Афрания, Афраний побаивается
и очень осторожно относится к Пилату.
Поэтому их разговор носит двусмысленный
характер. Но волк понимает волка.

У каждой стены во дворце, куда "даже муха
не проскочит, всё-таки есть уши".

что-то я в Евангелие этого не припоминаю...

Согласна с Нией. Это прекрасный пример разговора с "двойным дном", намеками. Это позволяло не высказывать в вслух того, что никто не должен слышать. Однако люди искушенные понимали этот язык.
Насчет женщины Афраний также высказывается так, чтобы и отвести подозрения от Низы и других участников, и не дать правильной информации тем, кто мог бы подслушивать их разговор.

В литературе вообще много примеров бесед иносказаниями и намеками. Например, у Дюма в "Королеве Марго", серии о мушкетерах, есть немало примеров подобных диалогов.