Кто являлся прототипом Фаггота и Геллы? У остальных прослеживаются библейские корни..

Сомневаюсь, что у кота Бегемота есть библейские корни.

Возможно, одним из прототипов Фагота, который в Москве представлялся бывшим регентом церковного хора, являлся один из знакомых Булгакова, слесарь-водопроводчик Агеич, муж домработницы Булгаковых Маруси. Будучи пьяным, Агеич вспоминал свою юность и то, как пел в церковном хоре.

Настоящее имя рыцаря, Фагот, вероятно, образовано от названия одноимённого музыкального инструмента, изобретённого итальянским монахом Афранио. Благодаря этому обстоятельству резче обозначается функциональная связь между Коровьевым-Фаготом и Афранием, начальником тайной стражи при прокураторе Понтии Пилате. Форма фагота также напоминает фигуру Коровьева — проглядывается сходство между длинной тонкой трубкой и высоким, тощим и узким в плечах регентом-пьяницей, готовым в любой момент услужливо склониться перед собеседником. По одной из версий, имя-название музыкального инструмента является намеком на то, что Фагот некогда был членом ангельского хора.

Или же это Самсон Карраско и рыцарь Фалькенштейн. Возможно, именно с них был списан образ Фагота как мрачного рыцаря. Оба персонажа были наказаны, первый — за насмешку над предсказанием собственной смерти (за это же наказан и Михаил Александрович Берлиоз), а второй — за сомнения в существовании демонов, причем лицо его навеки остается бледным, тогда как рыцарь Фагот обречен оставаться с всегда мрачным лицом.
В сцене последнего полёта Фагот предстаёт тёмно-фиолетовым рыцарем с вечно мрачным лицом. По словам Воланда, Фагот был обречён шутить на многие века за неудачный каламбур о Свете и Тьме, который тот сочинил во время своих рассуждений.

"Вряд ли бы теперь узнали Коровьева-Фагота, самозванного переводчика при таинственном и не нуждающемся ни в каких переводах консультанте <...> На месте того, кто в драной цирковой одежде покинул Воробьёвы горы под именем Коровьева-Фагота, теперь скакал, тихо звеня золотою цепью повода, тёмно-фиолетовый рыцарь с мрачнейшим и никогда не улыбающимся лицом. Он упёрся подбородком в грудь, он не глядел на луну, он не интересовался землёю под собою, он думал о чём-то своём, летя рядом с Воландом ".

Голая вампир из свиты. Единственная девушка, чрезвычайно красива, с рыжими
волосами. Из младших помощников Сатаны. На шее шрам. Поцелуем обратила Варенуху
в вампира, подобный эпизод описывается в «Упыре» А. К. Толстого. В последнем полете
не участвует.
Конкретного прототипа у Геллы не имеется, но известно, что имя ―Гелла Булгаков
почерпнул из статьи ―"Чародейство" Энциклопедического словаря Брокгауза и Эфрона, где
отмечалось, что на Лесбосе этим именем называли безвременно погибших девушек, после
смерти ставших вампирами.

Прототипы есть у всех персонажей МиМ, причем не только библейские. Большинство - реальные знакомые писателя. Зайдите на сайт Булгаковской библиотеки - там подробный словарь всех персонажей.