Если фанфик переработан его автором, убраны все отсылки на сеттинг, он обретает самостоятельность?

А почему это фанфик?
Вы знаете, что такое фанфик? Это Fan Fiction.

Это называется рерайтинг и не преследуется по закону. В том смысле, что можно это использовать в коммерческих целях, как самостоятельное произведение.

а как быть с персонажами? Отсылки-то убрать можно, и оммажем их сделать тоже можно. Но если главные герои сохраняют имена, биографии и характеры героев оригинального произведения, то самостоятельность будет достаточно условной. Ведь автор все равно использует контекст созданный и прославленный автором оригинала.

Нет.
Читатели все равно увидят, на чем основан бывший фанфик.
Придирчивые бросят (особенно если не любят обмана, когда фанфик выдают за ориджинал), непридирчивые схавают и попросят еще -- как "50 оттенков серого".

Смотря, что называть переработан. Ежели взять «Властелин Колец». Обозвать его «Повелитель Перстней», заменить эльфов на ушанов... Слегка поменять сюжет...

«Удивительный волшебник из страны Оз» Лаймена Баума и «Волшебник Изумрудного города» Александра Волкова. Или «Приключения Пиноккио. История деревянной куклы» Карло Коллоди и «Золотой ключик, или Приключения Буратино» А. Н. Толстого. Кто-то считает плагиатом, кто-то видит разный посыл в действиях героев.

Можно взять один нарратив. Сколько историй можно описать как «ещё одна версия Золушки»? Имя им легион.

Отсылки или работа-подражание, как дань уважения, это оммаж (от французского hommage — признательность).=Ещё бывают заимствования: персонажей, сюжетных ходов, метафор... Стилизации, пародии, ремиксы, ремейки, приквелы, сиквелы, вариации, произведения по мотивам, адаптации, инсценировки, импровизации на тему, версии, интерпретации, апгрейды, палимпсесты, семплинги...

В общем, красота в глазах смотрящего. Для одних плагиат, для других самостоятельность.

Юристы HBO как-то умудрились подать в суд на ребёнка приславшего на конкурс рисунков работу подписанную «Зима близко!» (слоган «Игры престолов»), хотя к нему она не имела не какого отношения. Тут в тему сюжетная линия города юристов из фильма «Трасса 60».
 
N.B. Одно из важных отличий фанфика, его автор не получает финансовое вознаграждение за него, не в какой форме.

Я так тоже думаю - гляньте "Крест Оборотня" на АТ. Единственно с чем промахнулся - пишу про Европу, мало смотрят, и ещё пишут... каша... Для коммерческого статуса на АТ нужно иметь 300 часов чтения в день. Проще залить на Литрес Самиздат, но там придирчивые все очень. Сейчас конкурсы на романы любовные, и детективы... ВОт сижу неделю уже думаю как из моего чтива сделать детектив.