Есть координаты города, что берется за "центр города" есть правила?

Про единое правило не слышала.
Формально центром города, от которого ведётся отсчёт расстояний, является нулевой километр. Исторически нулевым километром стали считать координаты пересечения дорог возле главпочтамта (есть несколько городов-исключений, но в основном так) .
А считать что-то одно координатой города - это нелогично. Координата - это точная величина, и у каждого метра она своя. Так как город занимает не один метр, то его нельзя описать одной координатой. Если считать центром среднее арифметическое от границ города, эта точка будет отличаться от координат главпочтамта, но всё равно будет в черте города. Скорее всего, у карт, которые Вы сравниваете, использовались две этих методики. Тогда у Вас один вариант центра - на пересечении крупных улиц, а второй фиг знает где.

У нас в Санкт Петербурге всегда центр отсчитывали от АДМИРАЛТЕЙСТВА . Кроме официального от почты, это чисто визуально все улицы расходились именно от здания Адмиралтейства и Невский проспект в том числе . В старых городах центром был или рынок или церковь - пример -город Невель, там центр - это церковь и кладбище при ней и тут же рынок, куда все в выходной день приходят за покупками Москва и подобные ей, наверно от крепости градообразующей .

Живу в пригороде СПБ. В навигационной карте, точка, которая обозначает город, стоит на главной улице. До главпочты 500 метров

...раньше отсчёт начинался от центральной почты... теперь от границы города..

Не знаю как в России, но в Украине есть инструкция, согласно которой за центр города берётся его исторический центр, то есть точка, откуда город, собственно, начал строиться.