До скольки работает метро в Москве?

Вход и пересадки закрываются в 1.00.
В 1.03 с конечных отправляются последние поезда.
Если вы успели войти на станцию до 1.00 - то доедете, куда вам надо.

Так что всё зависит от того, куда именно на Арбатско-Покровской линии вы войдёте в 0.40. Из Митино - точно не успеете, со Щёлковской - тоже вряд ли.
Если где-то между Парком Победы и Бауманской - вполне реально.
Прямой пересадки с АПЛ на ТКЛ нет, так что вам надо будет сделать 2 пересадки, на Киевской и Краснопресненской, или на Курской и Таганской - смотря что ближе.

Ещё вариант - электричкой от Электрозаводской до Выхина (там и там ж-д. платформы рядом с метро) , без пересадки. Последняя отправляется от Электрозаводской в 01.01, следующая утром 04.06.
То есть в самом крайнем случае с дальних концов "синей" линии вы можете доехать без пересадки до Электрозаводской, и электричкой 04.06 будете в Выхине в 04.19, задолго до открытия метро.

до 1 часа ночи поезда уходят с конечных станций, но пересадка на другие линии может уже не работать

Московский метрополитен открыт для пассажиров с 5:35 до 1:00. На многих
станциях с двумя и более выходами только один открыт всё время,
остальные же работают по сокращённому графику

С каждой конечной примерно в час ночи уходят последние поезда, а вход в метро закрывается в час ночи.

До 2-х. Переходы открыты до 1.30