Почему не построили пересадку с Ярославского направления на Калужско-Рижскую линию?

Именно, что идут параллельно, но не пересекаются.

Калужско-Рижская линия проходит всё время к западу от Ярославской железной дороги. Километр - это минимальное расстояние. Таких пересадок даже с МЦК на метро нет.

Так что как там физически сделать пересадку? Только либо перестраивая железную дорогу, либо линию метро. Что, конечно, мало того, что очень дорого, но ещё и не нужно. Не будут же ради пересадки перестраивать. Единственный более-менее реальный способ - это продлить КРЛ от Медведково резко на восток так, чтобы она пересекала железную дорогу. Но даже и это мечты. Ради пересадки не сделают.
Долгое время там была единственная пересадка на метро - у самого вокзала. Недавно сделали на Ростокино МЦК.

Вот если бы линия метро пересекала железную дорогу, располагаясь по обе стороны от неё, а удобной пересадки там не было, то тогда совсем другое дело. Например, с Рижского направления нет удобной пересадки на Арбатско-Покровскую линию: расстояние между железной дорогой и станцией метро Волоколамская ещё больше, чем между Алексеевской и Москвой-3. Этот вопрос решить гораздо легче. И планируют решить: перенести Трикотажную поближе к Волоколамской.

Ещё хуже обстоит ситуация с пересечением той же Калужско-Рижской линии с Ленинградским направлением. Платформа на этом направлении называется так же, как и станция метро - Рижская и расположена относительно недалеко от неё - в полукилометре. Но пересадка настолько неудобна, что ей очень мало кто пользуется, если пользуются вообще. С Алексеевской, расположенной гораздо дальше, совершить "пересадку" ничуть не более сложно.

Так что нужно строить пересадки там, где они физически могут быть, а не перестраивать и не изменять устоявшиеся магистрали. В отдалённом будущем, может, построят линию метро вдоль Ярославского шоссе с удобной пересадкой на железную дорогу. Вполне достойная альтернатива. И ещё. Когда-то были планы от Свиблово сделать ответвление в сторону Лосиноостровской. Но от него отказались по банальной причине: пассажиры, прибывающие с северо-востока пересаживались бы именно там из-за меньшей стоимости проезда, что оказалось бы убыточным. Вот такая логика была раньше. Ну а сегодня вилочное движение вообще не рекомендуется применять вследствие того, что оно может только запутать.

Наверное, максимум, что можно сделать с пересечением КРЛ и Ярославским направлением - это построить удобный ТПУ с крытым переходом, например между теми же Алексеевской и Москвой-3. Если, конечно, это можно будет назвать пересадкой. Но существующая наземная "пересадка" примерно те же функции и выполняет.

Ну дык пожалуйста, с 3-й Москвы до Алексеевской пешочком... что-то около версты.
Хошь на Северянине пересядь на МКЦ ( там от Ростокино до Ботанического сада один перегон.

напишите Собянину

Очень старые планы, пересечься метро пересечься должно было в Мытищах, но потом завернули в районы массового жилищного строительства.