Почему в 2020 году так рьяно начали переименовывать железнодорожные станции?

Унифицировали названия станций метро и железных дорог, связанных пересадками.
Да и новые названия звучат лучше, особенно по сравнению с "километрами"

не знают куда девать деньги

Все переименования денег стоят, а это возможность списать их с бюджета и спиздить. Так устроена наша система воровства бюджета.
Работы сделать на рубль, завысить до 3 и разницу украсть через подставных лиц)).

Частично эти направления планируют ввести в состав МЦД, работающий практически по принципу метро, а в метро всякие 47 и 42 километры недопустимы как названия станций. Для них подобрали подходящие топонимы, более благозвучные.
Что касается Фрезера и Новой, то там решили сделать так, чтобы станции, образующие единый пересадочный узел (метро, МЦК, МЦД) назывались одинаково. Для удобства навигации: пассажир, кому нужна, скажем, Авиамоторная, сразу представляет себе, где это, и что он сможет добраться туда как на метро (по радиусу или по кольцу), так и по МЦД. Кроме того, схема метро не будет перегружена названиями, налезающими на другие линии, и станет более удобочитаемой.
Почему раньше не переименовывали? Потому что тогда не планировали ввод МЦД, а вот сейчас, когда все станции всё равно будут переделывать под стандарты МЦД, эти изменения заодно затронули и названия.
Переименование Перово (как и Люблино) было вполне логичным: одноимённые с ними станции метро находятся вдали от них и не образуют с ними единых пересадочных узлов. Однако, здесь, скорее всего, сказалась сила привычки: многие жители не хотели расставаться с прежними, знакомыми названиями, и по их просьбе их вернули.