Подскажите, какая вышестоящая организация над военкоматом

Вышестоящими являются областной (краевой) , республиканский военкомат.
Дальше - штаб военного округа, управление мобилизационной работы, которое ведает военкоматами.
На повестки и звонки можете не реагировать. Военкомат должен ЛИЧНО доставить и вручить повестку под роспись.
Обратитесь с письменной жалобой на имя облвоенкома. Или напишите жалобу в свою прокуратуру на действия сотрудников военкомата.
Нужны дополнительные разъяснения, пишите в личку.

А кто вам мешает отправить заказным письмом все необходимые документы в военкомат? Или вам самой хочется найти себе проблемы на пустом месте? Военкомат все равно не отстанет от вас, т. к. они обязаны провести медицинское освидетельствование хотя бы заочно. Если ваш сын инвалид-колясочник, то закон позволяет пройти медосвидетельствование заочно. Но без хотя бы небольшого ВАШЕГО личного общения с военкоматом этот вопрос сам собой не решится, даже если они сами сделают запросы по разным медицинским учреждениям. В любом случае вам придется получать там документы воинского учета, сначала приписное, а после исполнения 18 лет и военный билет. На блюдечке с голубой каемочкой вам домой никто и ничего не принесет и через интернет не вышлет.

Ни за что не поверю, что вы сами безвылазно сидите дома около сына. ..

Напишите в прокуратуру.
Вопрос сбора справок лежит строго на военкомате, вот пусть они и чешутся.
Вы им НИЧЕГО не должны. А уж тем более выполнять мифические распоряжения не менее мифического военкомата.

В порядке подчиненности: городской военкомат, районный военкома, областной военкомат, министерство обороны. Но справки запрашивать они не могут, это не входит в их компетенцию.
В конце концов в каждом военкомате есть своя медицинская комиссия, которая, если сочтет это нужным, может направить Вашего сына на обследование.

городской. . потом областной ну а дальше. . уже.. . не знаю..

Генштаб.