В 17 лет выехал за границу на учебу в сентябре 2012 заканчивается срок загран паспорта

В вашем случае, вам необходимо знать следующее:
В соответствии с Федеральныйм законом от 28.03.1998 N 53-ФЗ "О воинской обязанности и военной службе" (с изм. и доп. , с 01.01.2012) граждане, постоянно проживающие за границей, не состоят на воинском учете в РФ и призыву в ВС РФ не подлежат. (ст. 8, 22).
Вам необходимо запастись документами, подтверждающими факт вашего обучения и проживания за границей (справка из вуза, справка из консульства) .
С этими документами и загранпаспортом вы можете без всяких проблем в любое время приезжать в Россию и выезжать обратно, не опасаясь призывной компании.
В соответствии со ст. 8 Федерального закона от 15.08.1996 N 114-ФЗ "О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию", а также в соответствии с
Приказом МИД РФ от 28.11.2008 N 18584 "Об утверждении Административного регламента исполнения государственной функции по оформлению и выдаче паспорта, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, по которому гражданин Российской Федерации осуществляет выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию" вопросами оформления и выдачи загранпаспортов гражданам РФ, постоянно проживающим за пределами РФ, ведают дипломатические представительства и консульские учреждения Российской Федерации в иностранных государствах.
Вам с паспортом следует обратиться в ближайшее консульство или представительство РФ в той стране, где вы сейчас живете и учитесь.
По возвращении в РФ на постоянное жительство вам необходимо будет стать на учет в военкомате. Пока вы учитесь, этого делать не нужно.

А кто вам запрещает заменить его в консульстве? Ну или приехать в РФ в непризывной период.

Можно поменять паспорт в консульстве, а если хотите менять в России, то тогда это можно сделаьт, когда нет призыва.

Вам стоит обратиться в Посольство РФ в стране нахождения и получить заграничный паспорт у них.

вам ни кто не имеет право запретить учиться за границей

призовут в армию по возвращению ни чего страшного

Там же у представителей РФ, попроси написав заявление