Учет рабочего времени при нахождении в служебной командировки

Скорее всего, если начальство уперлось, вы уже не докажете это.
Хотя начальство ваше и нарушает требования закона.
Ведите сами этот учет. По возвращении из командировки напишите рапорт о предоставлении дополнительных дней отдыха.
Если не удовлетворят, обращайтесь в суд. Исходя из практики судов, такие требования военнослужащих удовлетворяются в полном объеме.
Правовые основания для этого есть.
316. Военнослужащие направляются в служебные командировки по распоряжению командира (начальника) на определенный срок в другую местность для выполнения служебного задания вне пункта постоянной дислокации или временного расквартирования воинской части (подразделения) , в которой военнослужащий проходит военную службу.
Военнослужащим, направляемым в командировку, производятся выплаты на командировочные расходы (возмещаются расходы по бронированию и найму жилого помещения, проезду к месту командировки и обратно к месту службы, а также выплачиваются суточные) .
323. Командировки могут назначаться военнослужащим на срок свыше 40 дней, но не более чем на один год, в следующих случаях:
в) на монтажные и наладочные работы; для приемки, сдачи или ремонта кораблей и судов;
331. Не считаются командировками поездки военнослужащих:
б) в составе воинской части, кроме случаев, указанных в подпунктах "а" и "б" пункта 323 настоящего Порядка;
в) в составе подразделений воинских частей, кроме случаев, указанных в пункте 323 настоящего Порядка;
Приказ Министра обороны РФ от 30.06.2006 N 200 (ред. от 03.06.2011)
"Об утверждении Порядка обеспечения денежным довольствием военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации"

Служебная командировка НЕ входит в Перечень мероприятий, которые проводятся без ограничения общей продолжительности еженедельного служебного времени военнослужащих, а это значит, что нахождение в служебных командировках не является мероприятием, проводимым без ограничения общей продолжительной еженедельного служебного времени военнослужащих.
Согласно п. 1 ст. 11 Федерального закона "О статусе военнослужащих" общая продолжительность еженедельного служебного времени военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, за исключением случаев, указанных в п. 3 данной статьи, не должна превышать нормальную продолжительность еженедельного рабочего времени, установленную федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. Привлечение указанных военнослужащих к исполнению обязанностей военной службы сверх установленной продолжительности еженедельного служебного времени в иных случаях компенсируется отдыхом соответствующей продолжительности в другие дни недели. При невозможности предоставления указанной компенсации время исполнения обязанностей военной службы сверх установленной продолжительности еженедельного служебного времени суммируется и предоставляется военнослужащим в виде дополнительных суток отдыха, которые могут быть присоединены по желанию указанных военнослужащих к основному отпуску.
Федеральный закон от 27.05.1998 N 76-ФЗ (ред. от 12.12.2011)
"О статусе военнослужащих"

Вы для начала подумайте, чего хотите добиться... Тупо - Вы хотите служить или уволиться?
Возможно, ваше командование и не соблюдает букву закона и не вносит все сведения в журнал учета. И здесь можно бороться - писать рапорта, обращаться в прокуратуру или не подтверждать правильность заполнения журнала еженедельно своей подписью.
Только просчитайте последствия. Ваше обращение в прокуратуру будет иметь определенные последствия не только для командования, но и для всего л\с.
Для того, чтобы быть высоким гвоздем надо не бояться получить по шляпке. Вы сами сможете служить по Уставу? Или решили уволиться после командировки? Но тогда не обижайтесь на действия сослуживцев, которые хотят продолжать служить и вас явно не поддержат...

не получится, и потом, ты принимал присягу (стойко переносить все тяготы и лишения воинской службы)?)))

Вопрос конечно интересный, т. к.
Статья 92. Режим рабочего времени и времени отдыха в служебной командировке
На работников, находящихся в служебной командировке, распространяется режим рабочего времени и времени отдыха, установленный по месту служебной командировки, но средний заработок сохраняется за все рабочие дни недели по графику постоянного места работы.
То по идее должны ставить смены в соответствии с графиком работу учреждения куда направили. Но это морока, поэтому многие ставят в рабочие дни К, а в выходные В. Исходя из этого Вы и получите количество своих К, но ни как уж не 16