знающие люди подскажите,если ребенок имеет двойное гражданство то по достижению призывного возраста в какой стране ...

Он может пройти военную службу по призыву в одной из них по его выбору, но обязательно только в той, в которой он на тот момент будет проживать. И если это будет не Россия, то при возвращении в на территорию РФ второй раз служить ему уже не придется.

сначала в РОССИЙСКУЮ АРМИЮ, а затем и по второму гражданству тоже пойдет служить.

в РФ двойное гражданство запрещено

Не рано ли вы об этом задумались. Неизвестно, что будет через 16 лет.

РФ имеет договор о двойном гражданстве с 13 странами. Призывник ( или призывница) идет служить в армию страны постоянного проживания. На воинский учет тоже стает там, где проживает.

Вы путаете двойное гражданство и два гражданства. У вашего ребенка два паспорта. В ВС РФ он не будет служить по призыву, если пройдет в\службу в другом государстве или если будет постоянно проживать за пределами РФ (ФЗ"О воинской обязанности").
Как на воинскую обязанность смотрит законодательство государства, которое также предоставило вашему ребенку гражданство, пользователям неведомо.

Он будет стоять на учете в районном военкомате за местом прописки и там его будут призывать в армию.

насколько помню, он должен будет служить в рядах ВС РФ, если не проходил службу в армии других государств. (см. ФЗ О воинской обязанности и военной службе)

в которой родился