Угрожают уголовным делом. Они чё совсем?

не могут, что тебе мешает встать на воинский учет в Москве или это не входит в твои планы?

Военкомат сам уголовные дела конечно не заводит, но они могут отправить материалы на вас в прокуратуру, а вот те уже могут возбудить уголовное дело по признакам ч. 1 ст. 328 УК, уклонение от призыва на военную службу, если конечно усмотрят в ваших действиях признаки уклонения. Между прочим, эти признаки в ваших действиях действительно усматриваются и даже Пленум Верховного Суда РФ в своем постановлении еще в апреле 2008 года сказал вот что:
************************************************************************
Если лицо, имея умысел на уклонение от призыва на военную службу, убывает на новое место жительства (место временного пребывания) или выезжает из Российской Федерации без снятия с воинского учета, а также прибывает на новое место жительства (место временного пребывания) или возвращается в Российскую Федерацию без постановки на воинский учет с целью избежать вручения ему под личную подпись повестки военного комиссариата о явке на мероприятия, связанные с призывом на военную службу, содеянное им следует квалифицировать по части 1 статьи 328 УК РФ.
************************************************************************

Так что если дядя-прокурор шустрый попадется, то могут и действительно уголовное дело возбудить.

Вы обязаны стоять на воинском учете в Москве, если имеете там временную регистрацию. Вы это должны были сделать еще, когда учились. Если, вы этого не сделали, то вы нарушили закон и это можно раценить, как злостное уклонение от призыва на военную службу, за что можно и заработать статью 328 УК РФ.

Ты имеешь право жить где хочешь, это не наказуемо.

михаил токарев совершенно прав - Ты имеешь право жить где хочешь, это не наказуемо.
Но при этом ты должен выполнять обязанности гражданина по воинскому учёту, т. е. состоять на воинском учёте по месту жительства или временного пребывания. Вот неисполнение этих обязанностей уже наказуемо, но только административно.
Если ты всё ещё призывного возраста, то в твоих действиях могут усмотреть уклонение от призыва на военную службу. Вот это уже уголовно наказуемо, но требует доказательств.