Здравствуйте. Подскажите, в военкомат просят справку о составе семьи, кто должен в ней указываться?

Военкомат действует не правомерно требуя от вас включить в справку вашего отца. Ведь не вы выписываете справку о составе семьи а уполномоченный орган местного самоуправления в который вы и обратились за справкой о составе семьи, скажите в военкомате что бы решали этот вопрос сами если уж так сильно хочется. Вопрос в другом что при определении рода войск для определения места прохождения службы не указав отца вы сами себя ставите в неловкое положение, так что есть над чем подумать. По документам воинского учета в военкомате вы пройдете как не полная семья, что ограничит возможности вашего сына в дальнейшем.

Кто зарегистрирован на площади жилой, это и состав семьи..

справку дает паспортистка ( может сейчас их называют иначе ) и даст она ее на основании своих данных, а еще Вашей домовой книги + свид-ва на квартиру.... так что просьбы военкомата можете игнорировать.
У моего сына никто такую спр. не требовал, может Ваш сын идет в спец. войска или в военный университет? Тогда в Ваших интересах указать отца, потому что ( хоть отцы бывают сволочи) полные семьи пользуются большим доверием.

"но требуют что бы сын указал отца, который с нами не проживал, не прописан и 15 лет мы его не видели"

Сильно сомневаюсь, что военкомат действительно это требует. Вероятнее всего, Вы неправильно поняли.

В справке указываются члены семьи, зарегистрированные по этому адресу на данный момент