планирую заключить контракт, но есть ип, будет ли это основанием для отказа заключения контракта?

Решение о несоответствии кандидата требованиям, установленным для поступающих на военную службу по контракту, принимается в случаях:
- при несоответствии на день заключения контракта его возраста требованиям Федерального закона «О воинской обязанности и военной службы», а также если это лицо не вправе в соответствии с Федеральным законом заключать контракт;
- при вынесении в отношении него обвинительного приговора и назначении наказания, ведения в отношении него дознания, предварительного следствия или передаче дела в суд;
- при наличии у него неснятой или непогашенной судимости за совершение преступления;
- если это лицо отбывало наказание в виде лишения свободы;
- при признании его по результатам медицинского освидетельствования ограниченно годным к военной службе, временно негодным к военной службе или негодным к военной службе;
- при отнесении его по результатам профессионального психологического отбора к четвертой категории профессиональной пригодности;
- при признании его не соответствующим требованиям для поступающих на военную службу по контракту по уровню образования, профессиональной или физической подготовки.
- если в течение срока испытания командирами (начальниками) будет установлено, что военнослужащий не соответствует требованиям федеральных законов, общевоинских уставов и иных нормативных правовых актов Российской Федерации, определяющих общие, должностные и специальные обязанности военнослужащих, он признается командиром (начальником) воинской части не прошедшим испытание и увольняется с военной службы (направляется для прохождения военной службы по призыву).
Регистрация гражданина в качестве индивидуального предпринимателя в этом списке отсутствует. Может повлиять только на общую Вашу характеристику.

Вообще-то военнослужащему Законом "О статусе военнослужащих" запрещено заниматься другой оплачиваемой деятельностью. И если потом про твое ИП станет известно командованию, то вылетишь из армии как пробка. Никто не будет разбираться платил ты там налоги или не платил. За это тебя налоговая инспекция дрючить будет.

Закрой свое ИП и по этой линии проблем не будет.