Зачем производители улучшают звук на Андроиде типа Beats Audio и т. д. , если сама сис-ма ущербная в этом плане?

Потому что пользователи хотят чувствовать себя на высоте, а производители хотят вкусно кушать. На этом принципе построен весь прогресс. Это если в общем.

Теперь по частностям.
Какая система имеется в виду и в чём её ущербность?
Если имеется в виду операционная система, то она мало влияет на качество звука. По сути, какую ось ни поставь на определённый набор железа, по-другому это железо не заиграет. Если ЦАП способен выдавать определённый спектр частот, а динамики - воспроизводить, то система здесь играет роль оболочки, в которой "удобно жмакать кнопачки и ставить трэки". Как только граждане не извращались с нокией 6233 и что только не лепили в "тупую и ущербную S-40", чтобы та громче и чище пела, а уж про моторолу Е-398 с собственной осью вообще отдельный разговор. Список громких телефонов с "тёплым" звучанием и "сочными" басами, но ущербной ОС можете продолжить сами (благо новых волкманов сейчас хватает) .
Если же имеется в виду аккустическая система и аудиотракт современных (и не только) аппаратов, то да - мышиная возня в этой области вряд ли когда-нибудь принесёт реальные плоды. Да и смешно ожидать от системы, объёмом в несколько кубических сантиметров и мощностью не более полуватта результатов, как у (полу-)профессиональной аккустической системы с "чистым звуком" и "полным погружением". Увы, но музыка из телефона - это шум, то же, но через наушники - шум индивидуального пользования. И система этому никак не способствует.
Вот теперь несогласные могут кидаться единицами.

какое значение имеет операционная система для качества звука?

я так понимаю, что HDMI кабели по 300 баксов и пирамидки для техники делают для вас

чисто маркетинговый ход, типа звук стал ещё кристальнее, покупай, торопись