вопрос для тех, кто понимает в гитарах

Причин - огромное множество!
Первое - исправность самого тюнера. У меня было очень много учеников и я видел всякое. Иногда тюнеры ломались через 1-2 месяца, иногда сами продавца впаривали заведомо фальшивый тюнер.
Второе - если Вы уверены в своём тюнере на 100проц, то дело в Вас самих - нужно четко уметь настраивать, т. е. обращаться с тюнером. Звук извлекать умело, не позволяя гармоникам сбивать ваш тюнер с основного тона. Конечно знать обозначения нот открытых струн (EADGBE) и обращать внимание на диезы (или бемоли) , которые возникают на дисплее тюнера. Возможно, например, Вы настраиваете третью струну на G#, а не на G - чистое. Возможно Вы пытаетесь (даже такое случается) настроиться на октаву выше. Если не настроина мензура или искривлен гриф, то разница в пределах пяти ладов будет очень незначительная, так что на струны или саму гитару можно грешить только в самую последнюю очередь, есль конечно вместо третьей струны у Вас не натянута (например) пятая - и такое случалось.
Короче - причин тут может быть много.

Гитара не колбаса, испортиться не может. Стареют и вытягиваются струны, либо не выставлена мензура, если струны новые.

Проверь, звучат ли флажолеты на 12м ладу точно так же по высоте, как струна прижатая на 12 ладу, сразу поймешь, строит ли эта струна или нет.

Гриф веденый скорее всего