Метллический шар, имевший положительный заряд, разрядили, и он стал электрически нейтральным. Можно сказать, что заряды

Электроны перешли от шара туда, куда их забрали. Никуда они не исчезли.

нет. заряды перераспределились. при сообщению шару +заряда у него отобрали часть электронов, они перешли на другие тела. между шаром и этими телами возникло электрическое поле, которое стремиться вернуть электроны обратно. это схематичная картина.

Заряды "исчезают" только в реакциях типа ядерных. Тут этим даже не пахнет.

В случаях, подобных Вашему, принято говорить, что заряды "стекают". Такая терминология употребляется по традиции и сложилась в те времена, когда считали, что электричество - некая особая жидкость. С другой стороны это отражает закон сохранения заряда.

"Металлический шар, имевший положительный заряд, разрядили, и он стал электрически нейтральным. Можно ли сказать, что заряды в шаре исчезли? " -
-вы хотели это спросить?
Раз шар был заряд положительно - значит у него был или переизбыток положительных частиц или недостаток отрицательных (как правило так - если подразумеваем, что носители заряда в данном случае электроны)
при разрядке мы убрали избыток или добавили недостаток и количество зарядов уровнялось - поэтому суммарный заряд шара равен нулю, но это не означает, что на шаре нет зарядов вовсе.. .
Они там есть просто они друг друга компенсируют так как при разрядки стало количество положительных зарядов ровно количеству отрицательных зарядов.

нет, просто уравнялось кол-во положительных и отрицательных зарядов шара.
А чем разряжали, туда и перешли заряды.